相互差别是因明用语。指因明立宗时有法与能别之间到底应该由谁来决定谁的问题。商羯罗主《入论》云：“此中宗者，谓极成有法，极成能别。差别性故”。《大疏》解释道：“此取二中互相差别不相离性为宗体”，至于为什么是互相差别，窥基没有说明，由此在学界引起争论。吕潋认为只能由后陈去差别前陈，而不能互相差别；熊十力认为就体义来说，是互相差别的。

慧沼则解释为：前陈作为“自性”可以领有更多的种属性，而后陈明确其具有何种属性，故叫能别，这就是两者之间的互相差别。“前同于后”与“后同于前”两者在本质上一致，只是角度不同而已。