直江津站位于上越市靠海侧，是直江津地区（旧
直江津市）的交通中心，也是JR
东日本与JR西日本的分界车站。 如今由JR
东日本新潟支社管理月台、站房等各种车站业务。北陆本线下行的站内号志机为JR
东日本与JR西日本的实际分界处。
特急列车包括“白鹰”、“北越”全部停靠，司机与车长亦与此办理交接。 JR东日本新潟支社于此设立直江津运输区与相关设施，且站内分布许多线路，故多数普通列车以此作为起终点或作为列车留置地。
设有绿窗口（营业时间 5：30 - 22：30），亦有配置职员。 于三个通路方向皆设有自动剪票闸门，但不能使用
Suica、ICOCA等服务。
尽管JR西日本有列车停靠于此，不过车站只有北侧出入口挂有JR东日本的形象标志。 售票机对邻近区域车站的车票亦未区别JR东日本或是JR西日本。 以上原因，使得往北陆本线的列车发车时，车掌广播通常不强调“JR西日本”，而改以“JR线”代替。
除此之外，亦设有
自动售票机2台、指定席券售票机2台、商店（NEWDAYSmini）、候车室、投币式置物箱与厕所等。
1930年（昭和5年）
4月1日 - 信越本线货物支线 直江津 - 直江津港间通车。
1940年（昭和15年） - 改建站房为具有三角屋顶的山屋风格。
1945年（
昭和20年）
12月9日 - 发生直江津站私刑杀人事件。此事件催生出铁道公安职员的制度。
1959年（
昭和34年）
9月1日 - 废止信越本线货物支线 直江津 - 直江津港间业务。
1987年（
昭和62年）
3月31日 - 再次开办货物运送的业务。但是考虑到未来将准备修建新的设施，故尚未提供货物列车的停靠。
1987年（昭和62年）
4月1日 -
国铁分割民营化后成为JR
东日本、JR西日本的分界站，亦是JR货物辖下的车站。旅客业务由JR
东日本办理。