祈谷坛的另一座重要建筑是皇乾殿，它坐落在祈年墙环绕的矩形院落里，其间有琉璃门相通。
神版均供奉在形状象屋宇的
神龛里，每逢农历初一、十五，管理祀祭的衙署定时派官员扫尘、上香。祭祀前一天，皇帝到此上香行礼后，由礼部尚书上香，行三跪九叩礼再由太常寺卿率官员将神牌恭请至
龙亭内安放,由銮仪卫的样铒抬至祈年殿内各相应神位安放,受祭.
祈年殿东边的内墙东门外,有72间长廊,是祈谷坛的附属建筑，为连檐通脊式的一面暖房，北面砖砌实墙南面安设大窗门，俗称为“七十二连房”。长廊中部偏北，有五间“神库”，是收藏祭祀用品的库房。“神库”西面是“神厨”，祭天时，在这里制作供馔和糕点。
明、清时代，祭天是在日出前进行的。因此祭品要在夜间运送。七十二连房内设有一种古式木座落地灯，高约1.5米，安六角莲花木盘，盘中插红色蜡烛，罩黄绵纸灯罩,称为“戳灯”。灯光烛影,时明时暗,一片灰暗惨淡的景像,使人觉得阴森可怕.方士、道士们为了附会祈年殿有三十六天罡的说法，说这七十二连房就是
七十二地煞的聚集地。