白石村遗址位于山东省烟台市芝罘区毓璜顶北麓的坡地上，南高北低。北面距芝罘海湾约1.5公里，东面原有一条通伸河北注入海，西为一条自然冲沟。

1962年，白石村遗址被发现。

1973年，烟台地区、烟台市文物单位对白石村遗址进行了钻探测量复查。

1975年，山东省博物馆与烟台地区文物管理组曾联合对白石村遗址进行试发掘。

1980年，烟台市建设部门征用遗址部分土地，兴建民居，烟台市博物馆经请示省和地区主管单位同意，于1980年5至7月、1981年5至6月，分别对白石村遗址进行了两次抢救性发掘，发掘面积共227平方米。

白石村遗址位于烟台市中心地带，地势南高北低，海拔在64米—71米之间。遗址现存范围南北长约150米，东西宽约140米。由于历年修整土地、建造楼房，遗址明显受到挤压，面积越来越小，遗址四周全是楼房、道路。在遗址保护范围的南部，有一条东西走向的马路，将遗址分为南、北两个部分。南部有一小部分被压在楼房下，其余部分文化堆积层较厚，仍然可以从断层上看到里面的蛤皮较多，而且保护基本完好；北部则是一块自南向北降低的梯形台地，文化积累层有厚有薄。

白石村遗址文化层堆积厚0.5米—2米不等。遗址层次清晰，共分为两层，每一层各呈不同的文化面貌。一层为白石村一期文化，有墓葬2座，均葬在灰沟中，无墓穴，无葬品。二层为白石村二期文化，由一期文化发展而来，年代距今6000—5700年，与大汶口文化早期大致相当。墓葬均为土坑竖穴单身葬，无葬品。

白石村文化遗址包含一期文化和二期文化。白石村一期文化，出土遗物有石器、骨器和陶器。其中，石器以琢制为主，有斧、锛、铲、球砺石等。骨器有锥、镞、笄等。陶器以夹砂为主，器表多素面，纹饰主要是堆纹和乳钉纹，器类有钵形鼎、桶形罐、小口罐、盆、钵、支座等。还出土了较多的包括有黑鲷、真鲷、鲈鱼以及红鳍东方鲀等四种海产经济鱼类的海鱼类骨骼，其中，真鲷个体较大。

白石村二期文化是在一期文化的基础上发展而来的，出土遗物的出土石、骨器形制与一期文化差别不大，但二者之间陶器区别较大。二期文化出土遗物中的陶器以夹云母陶为主，其次为夹砂、夹滑石陶。器表仍以素面为主，纹饰有堆纹、乳钉纹、刻划纹、弦纹、彩陶等。彩陶有黑黄色复彩和黑色单彩两类。器类有盆形鼎、釜形鼎、钵、三足钵、碗、小口罐、筒形罐、鬶、觚形杯、纺轮、支座等。

白石村类型所属的相对年代约相当于北辛文化，白石村类型的早期大致相当于北辛文化中期偏晚期阶段，晚期则与北辛文化晚期偏晚阶段相当。但白石村的类型又与北辛文化有较大区别。白石村遗址二期文化由一期文化发展而来，年代距今5900年至5400年，当进入大汶口文化时期（过去曾将其归于大汶口文化）。但白石村类型的文化内涵与大汶口文化又有着明显的区别，并且与大汶口文化分属于不同的文化系统，因此山东半岛此类文化遗址被命名为白石文化。

白石村遗址是山东半岛发现最早的新石器文化遗址，把山东半岛的历史提早了数千年，揭开了山东半岛最早的历史。 白石村遗址的发现，更加完善了胶东半岛新石器时代文化的序列。白石村类型文化的提出及命名对研究胶东地区原始社会文化具有重要意义。

在白石村遗址出土个体较大的生活在海水底层的真鲷，说明了当时生产工具原始、捕捞量少，因此鱼类生长时间充分，个体较大，也说明人们已经具有了深水捕捞的能力；而出土的大量堆积的贝壳和较多的海鱼类骨骼得知，由此可知人们主要依靠渔业生活，也已经知道食用河豚要吃它的肌肉而排出其内脏的有毒部分。

1979年，白石村遗址被烟台市人民政府公布为市级重点文物保护单位。

1992年，白石村遗址被山东省人民政府公布为山东省重点文物保护单位。

2006年5月25日，白石村遗址被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。

白石村遗址位于山东省烟台市芝罘区毓璜顶北麓的坡地上，北面距芝罘海湾约1.5公里。

从烟台市出发经沈海高速到达白石村遗址。

2021年10月，该项目入选由山东省文化和旅游厅（山东省文物局）主办，山东省考古学会承办的“山东百年百项重要考古发现”。