瘤胃纤毛虫是牛、羊等反刍动物的瘤胃内生存的一种微生物，瘤胃纤毛虫有圆形、椭圆形和梨形等。大小为40~200μm。在一个健康的牛瘤胃内，每毫升胃液中可含有10^5~10^6个纤毛虫。此外，还有数量更多的瘤胃细菌（10^10~10^12个/ml）及少量的鞭毛虫、真菌和噬体。它们的存在对宿主是有益的。已发现的瘤胃纤毛虫有100多种，可分为3个目。

一、小布契利虫

小布契利虫(Buestschtis parua)生活在水牛瘤胃内，比较原始，身体呈卵圆形，无口前庭。胞口位于顶端，直接裸露在体表。胞口下面是漏斗状的胞咽。胞口边缘有较长的纤毛，其余体表各部均被有等长的纤毛。体内具1个大核、1个小核，还有1个收集泡和1个结石泡（内含钙质的结晶颗粒）。

二、肠等毛瘤胃纤毛虫

肠等毛瘤胃纤毛虫（Isotricha intestindlis）栖息在各种反刍动物的瘤胃内。体呈椭圆形，体表被等长的纤毛，且与身体长轴呈螺旋状排列。具口前庭，在前庭腔和口部均有纤毛分布。体内具1大1小2个核，有收集泡，但无结石泡。

三、双内毛纤毛虫

双内毛纤毛虫（Diplodinium）的种类多，结构也比较复杂，其数量往往占瘤胃内纤毛虫总量的90%以上。虫体呈侧扁的椭圆形，除前端保留部分纤毛外，其余均已退化消失。只有口缘纤毛，位于口盘边缘和外唇之间的沟槽内。当虫体受到刺激时，口盘内缩，外唇关闭，形成“内毛”。细胞质同样分为外质和内质。在内、外质之间有一层薄膜。外质内有大、小细胞核，收集泡（1个或多个）和其它细胞器。内质相当于原生动物的胃、肠、肛门。这样有利于它们吞食颗粒比较大的食物或植物碎屑。

有的种类如单甲纤毛虫、双甲纤毛虫，在它们的外质中还有1或2块骨板（一种由多糖组成的网状结构），其功能是支撑身体。

反刍动物瘤胃内的生理生化条件为各种瘤胃微生物提供了良好的栖息和繁殖环境。反刍动物日粮中大部分是难以消化的植物纤维素，正是因为有了瘤胃纤毛虫和瘤胃细菌，才使得反刍动物具有消化纤维素的能力。植物纤维素在瘤胃微生物的作用下，终产物是挥发性脂肪酸，而这恰恰是反刍动物易于消化的主要物质。瘤胃微生物在稳定的生态条件下，进行2体分裂，繁殖速度快，几乎每天增加原有数量的1~2倍，同时一部分微生物随食物一起，流到后面的皱胃和小肠内，作为蛋白质被吸收。故瘤胃内的微生物总量总是处在稳定的水平上，呈一种动态平衡状态。

总之，瘤胃纤毛虫、瘤胃细菌和瘤胃噬菌体等共同构成了瘤胃微生物区系，并能够维持相对的稳定性，瘤胃微生物与反刍动物之间是一种互惠共生的关系。