病因推断是指研究者对流行病学研究中发现的某因素与某疾病(或健康状况)之间的关联，做出是否为因果关系的推断。
病因推断的基本步骤
1、确定两事件间是否存在统计学上的联系
2、判断两事件间统计学联系的性质
3、检验是否符合因果联系的判断标准
4、进行科学概括与抽象，做出判断
关联的时间顺序
如果怀疑病因X引起疾病Y，则X必须发生于Y之前。
关联的强度
一般而言，关联的强度越大，该关联为因果的可能性就越大。关联强度的测定，根据资料的性质或来源可以有优势比0R(病例对照研究)，相对危险度RR等反映分类资料的关联指标。
剂量—反应关系
即随着暴露剂量的变化疾病的发生频率也发生变化。针对等级或连续性变量资料，有等级0R或RR，等级相关系数和积差相关系数等反映相关的指标。
暴露与疾病的分布一致性
这实际上是利用集团资料反映的生态学相关，即暴露与疾病在各集团(人群亚组)间呈共同变动关系。
关联的可重复性
指关联可以在不同的人群、不同的地区和不同的时间重复观察到。
关联的合理性
包括两个方面：①对于关联的解释与现有理论知识不矛盾，符合疾病的自然史和生物学原理，这相当于客观评价。②研究者或评价者从自身的知识背景出发，支持因果假设的把握度，这相当于主观评价。
终止效应
当怀疑病因(暴露)减少或去除，引起疾病发生率下降，就进一步支持因果关联。
关联的“特异性”
特异性的含义其实就是唯一性，病因特异性就指唯一的病因。