病原体变异是指病原体可因环境条件或遗传因素的变化而发生变异。

病原体变异对传染病的流行、预防和治疗具有重要意义。

耐药性变异指原来对某种抗菌药物敏感的细菌变成对该种药物不敏感或耐受菌株。耐药性变异可通过耐药基因或基因突变传给后代，也可通过微生物共生而转移给其他微生物。耐药性变异是多种传染病流行不能控制或复燃的重要原因。如结核病，据WHO估计，全球感染耐药结核分支杆菌的结核病患者约有1亿，其中至少对利福平和异烟肼这两种重要抗结核药物耐药者称为多耐药结核，在东欧等多耐药结核流行地区，可占所有结核病病人的7~22%。

病原体的基因突变导致了病原体的抗原性变异，从而使疾病发生爆发性流行。例如甲型流感病毒表面抗原变异频繁，每发生一次大的变异，即形成一个流感病毒新亚型。人群因缺乏相应的免疫抗体而发生流感流行。

病原体的毒力变异可使其毒力增强，致病力增强；而其减毒株可制成疫苗，用于传染病预防。