番茄菌核病是由核盘菌引起的、发生在番茄的病害。主要危害茎基部，也能危害茎、叶和叶柄、花、果实和果柄，在幼苗期和成株期均可感病。叶片染病多从叶缘处发病，初呈淡绿色水漫状，后变为灰褐色，并出现白色菌丝；果实发病似开水烫过并着生茂密菌丝，后期果实上出现鼠粪状菌核；茎染病多由叶柄基部侵入，病斑褐色，边缘水浸状，湿度大时着生白色菌丝，后期茎内外均可形成大量菌核，严重时植株枯死。

番茄菌核病病原为核盘菌（学名：Sclerotinia scleroriorum (Lib.) de Bary），属真菌子囊菌亚门、柔膜菌目、核盘菌属。菌丝体白色，绵絮状，粗细不一，直径3-4微米，透明，有横隔，内有浓蜜的颗粒状物。子囊盘杯状，浅肉色至褐色，1个至4个从菌核上生出，子囊盘直径0.3-0.8厘米，柄褐色细长，微弯曲，长4厘米左右，由盘基部向下渐细。子囊棍棒状，无色，（108-135）微米×（9-10）微米，内含8个子囊孢子，子囊孢子单行排列，椭圆形，无色，12微米×4微米；小型分生孢子单胞，无色，3-4微米，密生于分生孢子梗上，形成84微米×77微米的孢子块。侧丝细长，线形，夹生在子囊之间。

病菌喜温暖高湿的环境。适宣发病的温度范围0-30℃，最适发病环境，温度为20-25℃，相对湿度90%以上；最适感病生育期为成株期至开花座果期。发病潜育期5-8天。子囊孢子萌发的适宜温度5-10℃，菌核萌发适温15℃。该病原除为害番茄外，还危害辣椒、茄子、黄瓜、豇豆、蚕豆、豌豆、马铃薯、胡萝卜、菠菜、芹菜、甘蓝等多种蔬菜。

番茄菌核病在幼苗期和成株期均可感病，主要危害茎基部，也能危害茎、叶和叶柄、花、果实和果柄。

病菌以菌核在土壤中和病株残余组织内及混杂在种子中越冬或越夏。菌核一般可存活2年左右。在环境条件适宜时，菌核萌发产生菌丝体和子囊盘，子囊盘散放出的子囊孢子借气流传播到植株上，引起初次侵染。病菌很难直接侵染生长健壮的植物茎叶，一般都是在衰老的叶片组织或未脱落的花瓣上穿过角质层直接侵入，侵入后病菌破坏寄主的细胞和组织，扩散和破坏邻近未被病原物侵染的组织，并通过病健株间的接触，进行重复侵染病叶、茎与植株健部间的接触，带病花瓣落在植株健部，病菌就可以扩展而使健全的茎、叶及果实发病。

在中国上海及长江中下游地区，番茄菌核病的主要发病盛期在1-6月及10-12月，常年春季比秋季发生重。年度间早春多雨，寒流侵袭作物受冻、天气忽冷忽热变换频繁或梅雨期间多雨的年份发病重；秋季晩秋温度偏高、多雨的年份发病重；田块间连作地、排水不良地发病较早较重；栽培管理上种植过密、通风透光差氮肥施用过多、茎叶过嫩或受霜害、冻害和肥害的发病重；中管棚保护地及温室栽培关棚时间过长、通风换气少、大水大肥浇灌的发病重；品种间残留花多的、茎叶柔嫩多毛的品种易感病。