通过结肠镜能顺次地、清晰地观察肛管、直肠、乙状结肠、结肠、回盲部黏膜状态，而且可以进行活体的病理学和细胞学检查。
适应证
1.原因未明的便血或持续粪潜血阳性者；
2.有下下消化道症状，如慢性腹泻、长期进行性便秘、大便习惯改变，腹痛，腹胀等诊断不明确者；
3.X线钡剂灌肠检查疑有回肠末端及结肠病变，或病变不能确定性质者；
4.X线钡剂灌肠检查者阴性，但有明显肠道症状或疑有恶性变者；
5.低位肠梗阻及腹块，不能排除结肠疾病者；
6.不明原因的消瘦、贫血；
7.需行结肠镜治疗者，如结肠息肉切除术、止血、乙状结肠扭转或肠套叠复位等；
8.结肠切除术后，需要检查吻合口情况者；
9.结肠癌术后，息肉切除术后及炎症性肠病治疗后需定期结肠镜随访者；
10.肠道疾病手术中需结肠镜协助探查和治疗者；
11.需行大肠疾病普查者。
禁忌证
1.绝对禁忌证
严重心肺功能不全、休克、腹主动脉瘤、急性腹膜炎、肠穿孔等。
2.相对禁忌证
（1）妊娠、腹腔内广泛粘连及各种原因导致肠腔狭窄者、慢性盆腔炎、肝硬化腹水、肠系膜炎症、肠管高度异常屈曲及癌肿晚期伴有腹腔内广泛转移者等，如果必须检查时，由有经验的术者小心进行；
（2）重症溃疡性结肠炎，多发性结肠憩室患者应看清肠腔进镜，勿用滑进方式推进结肠镜；
（3）曾做腹腔尤其盆腔手术、曾患腹膜炎以及有腹腔放疗史者进镜时宜缓慢。轻柔，发生剧痛则应终止检查，以防肠壁撕裂、穿孔；
（4）体弱、高龄病例，以及有严重的心脑血管疾病、对检查不能耐受者，检查时必须慎重；
（5）肛门、直肠有严重化脓性炎症或疼痛性病灶、对检查不能耐受者，检查时必须慎重；
（6）小儿及精神病或不能合作者不宜施行检查，必要时可在全麻下施行；
（7）妇女月经期一般不宜做检查。
并发症
1.消化道出血
2.肠穿孔
3.消毒不严密而导致肠道感染。
检查前准备
1.术前应充分了解病情，包括详细的病史、体格检查、生化检查和钡剂灌肠等其他影像学资料，了解有无凝血障碍及是否应用抗凝药物，了解有无药物过敏及急慢性传染病等，如怀疑此类疾病则需先进行相关实验室检查以判断有无结肠镜检查的适应证和禁忌证。如果怀疑有结肠畸形、狭窄等，通常先做钡剂灌肠检查，以了解肠腔形状。
2.知情同意。由于结肠镜检查和治疗存在一系列并发症，因此向患者说明检查目的和可能出现的问题，征询其同意并签署知情同意书，交代注意事项及配合检查时的体位。向患者做好解释工作，解除其思想顾虑和紧张情绪，以便取得其配合，保证检查成功。
3.检查前1～2小时进低脂、细软、少渣的半流质饮食，严重便秘的患者应在检查前3小时给予缓泻剂或促动力药以排出结肠内潴留的大便。检查当日禁食早餐，糖尿病患者、老年人或不耐饥饿者可适当饮用含糖水及饮料。
4.肠道准备。清洁肠道是检查成功的先决条件，结肠镜检查的成败，肠道的清洁程度是关键之一。如结肠积有粪便，影响进镜与观察病变。目前清洁肠道的方法众多，各有其特点，常用的方法有聚乙二醇（PEG）法：PEG具有很高的分子质量，在肠道内既不被水解也不被吸收，因而在肠液内产生高渗透压，形成渗透性腹泻。将PEG20-30g溶入2000～3000ml水中，于术前4小时口服，直至排出液清亮为止。也可将PEG加入电解质液中以提高渗透压，如复方聚乙二醇电解质散由PEG和电解质组成，PEG每次2～3袋溶于电解质溶液中，可减少饮水量至2000ml，患者易于接受。该法清洁肠道需时短，饮水量少，对肠道刺激少，一般不引起水、电解质失衡。但是肠道内残留黄色液体较多，部分形成黄色泡沫，影响视觉效果。
5.术前用药。肠镜检查的术前用药对保障顺利插镜。仔细观察及寻找病变、准确活检和精细的内镜下治疗均十分重要。对一些精神紧张的患者术前用药还有助于减少痛苦，更好的配合检查。
（1）解痉药可抑制肠蠕动，解除痉挛，有利于插镜及寻找病变、活检及内镜下治疗。于检查前10～15分钟肌注山莨菪碱20mg或丁溴东莨菪碱10mg，作用时间20～30分钟。如果术中需要稳定肠管可随时肌注或静注。对青光眼、前列腺肥大或近期发生尿潴留者忌用，可改用维生素K38～16mg肌注或硝苯地平10mg舌下含服代替。
（2）镇静、镇痛药随着插镜技术的提高，插镜痛苦已明显减少，国内已很少应用镇痛药。仅对少数精神紧张、耐受性差或病情需要者，术前肌肉注射地西泮10mg或静脉推注5～10mg。个别患者可酌情肌肉注射地西泮5～10mg加哌替啶25～50mg。用镇痛药时术者应时刻警惕因疼痛阈升高，患者对穿孔前的剧痛感觉迟钝，术者如继续进镜，就有导致穿孔或浆膜撕裂的危险，尤其是有肠管粘连或有溃疡的病例。因此，对有乙状结肠、横结肠粘连或该肠段有较深溃疡的病
（3）麻醉药近年来国内外一些医院提倡无痛检查法，即在全身麻醉状态下进行结肠镜检查。通过静脉注射有镇静作用或麻醉作用的药物，使患者舒适、安静，呈浅麻醉状态，对镜检过程遗忘，达到无痛苦检查的目的；这种方法增加了患者的依从性，并方便检查医生的操作和诊断，提高了检查成功率。一般常用药物为异丙酚加芬太尼。但全麻下的结肠镜检查是在毫无反应状态下插镜，以至在肠管过度伸展状态下扔强行插入极易发生穿孔、浆膜撕裂及大出血，因此应严格掌握适应证，插镜动作要轻柔。
检查后注意事项
1.结肠镜检查过程中会不断注气以利于肠黏膜的观察，术后因空气积聚于大肠内，患者可能感到腹胀不适，一般在数小时后会渐渐消失。
2.对于结肠镜下取活检或息肉电切除的患者，需进流质饮食，要注意大便颜色改变，观察有无腹痛、便血等症状。
3.结肠镜检查或镜下治疗术后，出现持续性腹痛，或大便出血量多情况，应及时告知医师，必要时进一步处理。