元和三年，纲吉世子、年仅5岁的德松病死。纲吉顿生空寂之感，也开始倾心佛法。桂昌院请隆光为新世继诞生祈福。据《三王外记》记载，隆光此时向桂昌院进言说：「今子供不蕃，皆其前世多杀生之报也。殿下诚欲延嗣，盖当禁杀生。且殿下丙戌生，戌属狗，最宜爱狗也。」桂昌院便以此劝说纲吉。纲吉本一天性宽悯之人，在天和二年就曾颁发过“忠孝奖励高札”，这份高札虽然主要作用是设置孝子表彰制度，但其中也包括“禁止予马匹过量积载”的条款。谏言可谓与纲吉初意暗合。同时纲吉又极重孝道，对母亲的话言听计从，因此于贞享二年（1685）七月，在将军御成节上发布“猫狗可自由穿行将军御成道，不得束羁”的命令。这被看作生类怜悯令的先声。到贞享四年正月廿八，纲吉正式颁布《生类怜悯令》。
生类怜悯令并不是单一的法令，而是「犬猫怜悯令」「牛马怜悯令」「鱼介类怜悯令」等的合称，相当于现在的动物保护法。并且不是一次发布，而是陆陆续续补订完成的。贞享4年集中发布了法令的主要条目。 正月廿八纲吉首先发布“重病之生类未死则不得舍弃”令。 廿一日，幕府开始在江户市中制作饲犬戸籍帐。廿八日，禁止饲鱼鸟为食料。 三月廿六，禁止养一切鸟。 四月十一，纲吉下令「禽兽之类，为人所伤者可以诉讼。无主之犬当给予食物。」三十日，下令「以砾击鸠者严惩」。 七月，下令“市中大八车、牛车当注意犬且以回避”。九月十三，“有伤往来之生类者，辻番之番人问其住所以助日后调查，并命其留家听勘不得出行。”十五，禁止舍弃马匹。
腊月二十三，令舍马者远边流配。这以后，法令又有零星增益。元禄三（1690）年十月廿六，纲吉下令禁止弃婴。四（1691）年二月廿八，纲吉命令收养瘦犬，制止犬斗。七年（1694）五月廿九，禁止抛弃家犬。九月初五，按户统计江户市中金鱼数量。八年（1695）十月十一，重申禁止抛弃婴儿与家犬的命令。宝永二（1705）年六月初三，禁止令牛马背负重荷。
生类怜悯令的颁布给百姓造成了深重的灾难。百姓中只要捕鸡、杀猫，甚至弄伤假寐中在身体上攀跑的鼠，都被抓入监狱。蚊、虱、蚤、 蝇都被禁止捕杀。这违背人们的生活常理。禁止捕鱼弹鸟，以及玩蛇等生物的杂技，使无数人失去了生计而沦为流民。江户町人的金鱼统统送往藤泽游行寺的池子里放生。又因为对狗的特别优待，如人不得踢狗，狗吃商店的东西不得被驱赶，遇见狗“争执”要调停；狗互相打架受伤，附近的百姓要负担医疗费用等等，使大名们不得不把犬置于轿中往来运送，百姓每次都伏首跪拜，皆敬称狗为“犬样”。百姓为防止犬斗带来麻烦，不得不设立身着犬纹样羽织的番人，专门在各路口负责“犬分水”，阻止狗汇集一处。人们纷纷不敢养狗，导致野狗横行，即使发布“禁止弃犬令”（见上，1694）也无济于事。于是纲吉于次年先后在四谷·大久保·中野地方大规模建立犬小屋达16万坪，施工费用为银2314贯余，米5500余石。保护野狗数目最高达82，000匹，专派医师二人予以看护治疗。每犬1日食白米3合、味噌50匁、干沙丁鱼1合，合银16贯余。每年各种维持经费累计达98，000两，这笔花消于是又落到江户町人与众大名的头上。如此重困民力，真犹如以犬食人，市人苦于虐政，怨谤载道，恨幕府入骨，直呼纲吉以“犬公方”的诨名，并将其与两名近臣合称“三条狗”。幕府和百姓已几乎势同水火。
尽管如此，生类怜悯令还是给部分百姓带来了实惠。在武藏野的狭山丘陵地区的近200所村庄，因为附近树林野鸟野兔生息繁衍，而被尾张德川家定为鹰场。同时，这里又属于幕府天领，归代官与地头管辖，受尾张德川家与幕府的双重支配。于是，每年该地区一方面必须承担鹰场的日常管理与鹰狩接待的沉重经济负担；一方面为保证附近鸟兽繁盛，该区域严禁捕猎；因而面对山猪横行，破坏田畑，百姓无可奈何。百姓们也曾多次请愿，要求用陷阱与竹枪保护田畑，但终石沉大海。元禄六年（1693），由于禁鹰狩令的颁布，鹰场被废除，当地人民终于从长达50年的桎梏中解放出来。
纲吉的生类怜悯令出于戒杀生而为子孙祈福，本无不可；而其涵盖范围，以犬马为中心，包括猴子、鸟类、龟、蛇、螽斯、松虫、蝾螈等各种生物，禁止弃婴与提倡保护弱者的超越时代的人文情怀更当加以肯定。禁止食肉，是为揭发士众中的天主教徒；因为素食是佛法的固有修行，而天主教徒有积极的食肉倾向。从元禄七年十月初十纲吉的训令可以看出，纲吉发布生类怜悯令，根本目标是培养社会“仁爱之精神”。柳泽吉保在《宪庙实录》中说：纲吉“初欲改宇内杀伐之风习，且遍示好生之御德于天下，以彰其盛意。然违背禁令者既寡，则群臣奉行其事者，恣行其道，次第严峻禁网，至于百姓冤苦，诸侯患之。”四方役者为阿谀上意，曲意逢迎，网罗文法，厚诬苛责，其行径既冒天下之不韪，亦滑天下之稽，遂使上样一番善意，演化为折磨百姓，滋扰天下的稀代恶政。
纲吉的生类怜悯令，给百姓带来巨大的痛苦，也使自己蒙受百世的骂名。但是事过境迁，使我们能够超越道德的评判，从更高的角度观察这一法令。生类怜悯令能够在天领藩领中，都得以坚决的贯彻执行，正标志着将军的权力已如日中天。纲吉依靠强力构筑起近世中央集权，极大的改变了日本人的生活方式。举例说，犬料理在战国时代是很常见的食品，但到纲吉期以后便销声匿迹，即使是当代，日本人到韩国旅游，要品尝一下犬料理的风味仍然是要抱很大决心的事情。可以说，生类怜悯令至今还影响着日本人。以个人意志导入人间的政策，却从根本上改变整个日本民族的行动与思考习惯，这在史上鲜有其例。至少，历来享受好评的家康与吉宗都没能做到这一点。而从另一角度考虑，生类怜悯令这种虐政会持续20多年，也正是纲吉独断专行的直接恶果。