生物质谱技术正成为蛋白质鉴定分析的主要支撑技术，它通过测定样品离子的质荷比(m/z) 来进行成分和结构分析。
双向凝胶电泳分离的蛋白质点数目多、量少，其鉴定方法是利用蛋白质的各种属性参数如
相对分子质量、等电点、序列、氨基酸组成、肽质量指纹谱等在
蛋白质数据库中检索，寻找与这些参数相符的蛋白质。若在数据库中找不到，有可能是发现了新蛋白质，要进行序列分析，进一步合成DNA 探针来表达、分离和鉴定它。
1、
基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrixassistedlaserdesorptionionizationtimeofightMs，MALDITOF-MS)。此方法的原理是将样品与小分子基质(肉桂酸、芥子酸及其衔生物)混合共结晶，当紫外激光(337nm)照射晶体时，基质分子吸收能量使样品与基质分子解吸并电离。样品产生的离子在加速电场的作用下获得相同的动能，经过一个真空无电场飞行管道，较轻的离子速度快，较早到达检测器，较重的离子较晚到达检测器，飞行时间与(m/z)成正比。MALDI产生的离子多为单电荷离子，质谱图中的谱峰与样品各组分的质量数有一一对应关系，因此MALD-MS最适合分析
蛋白质水解后的肽混合物。MALDI的质谱图是多次扫描结果的累加，使这种仪器成为现今灵敏度最高的质谱仪，适合微量样品(fmol-amol)的分析。
2、电喷雾离子化质谱(ESIMS)。电喷雾离子化方法是利用高电压使质谱进样端的毛细管柱流出的液滴带电，在逆向N2气流的作用下，液滴溶剂蒸发，表面缩小，表面电荷密度不断增加，液滴爆裂为带电的子液滴，这一过程不断重复使最终的液滴非常细小呈喷雾状，这时液滴表面的电压非常强大，使分析物电离并以单电荷或多电荷离子的形式进入质量分析器。质谱峰显示了此化合物带不同电荷的一系列质荷比峰，经软件计算可以转换为带单电荷的
分子离子峰。此技术可以分析fmolamol量级的样品。
3、串联质谱(MS/MS)串联质谱法可选择性分析混合物中的某个组分面不必将各组分开。第一级
质量分析器获得所有组分的分子离子峰母离子，经质量过逃器挑出需进一步分析的母离子，此母离子在碰推室内经高流速情性气体碰撞诱导离解(collisioninduceddissociation,CID)产生碎片离子(子离子)，子离子进人第二级质量分析器获得母离子的碎片峰。通过研究母离子和子离子的裂解关系，可以获得多肽和蛋白质的结构信息。
电喷雾一四极杆飞行时间
串联质谱仪(ESI-QTOF)是近年面世的新型
生物质谱仪，其一级质谱是电喷雾电离源，四极杆
质量分析器，第二极质谱改用飞行时间质量分析器，提高了仪器的分辨率和灵敏度，可对微量样品进行序列分析。