生物芯片北京国家工程研究中心成立于2000年9月30日，是经国家发展和改革委员会批准成立依托于博奥生物的我国生物芯片领域产品及市场销售规模最大、研发实力最强、申请和获得专利最多的国家级研究开发机构。中心前身为清华大学生物芯片研究与开发中心，致力于以生物芯片为平台的医学系统生物学研究与开发，先后承担并完成了国家863重大专项课题“生物芯片的研究与开发”以及“973”、“985”、国家自然科学基金等重大课题和攻关项目，在生物芯片的若干关键技术领域取得了一批具有自主知识产权的原创性技术成果。

2000年9月30日，根据国家发展和改革委员会的指示以清华大学为主要发起人，联合华中科技大学、中国医学科学院和军事医学科学院等三家科研单位共同成立生物芯片北京国家工程研究中心并于2001年10月正式授牌。

2000年9月至2003年10月在国家发改委、北京市发改委的大力支持下，在中关村科技园管委会的具体协调下，租赁的海淀区清华西路甲2号一家餐馆经改造装修后成为了中心科研工作的临时实验室和办公用房。2003年10月，中心一期工程竣工并投入使用，总建筑面积2.4万平方米，包括国际一流水平的各类工程和科学研究实验室、微阵列芯片制作GMP超净车间、微流体芯片中试洁净车间、生命科学仪器生产车间以及配套设施。

中心拥有一流的科研设施、完善的生产条件、浓厚的科学氛围和一批在国际生物芯片领域享有盛名的高级研究人员，其中教授与副教授10名，归国高级研究人员12名，各类科研人员180多人，其中硕士以上学历40%，形成了一支梯队和结构合理的人才队伍。中心已被认定为国家生命科学与技术人才培养基地、博士后科研工作站、北京市重大高新技术成果转化项目、北京市专利试点优秀单位及国家高技术研究发展计划成果产业化基地。

中心坚持边建设边研发，形成了较强的研发能力，已研制出了具有我国自主知识产权的生物芯片设计、加工和检测成套技术，开发出了一系列可供研究、诊断和药物开发等领域应用的生物芯片，取得了一批高水平的创新成果。中心已累计申请专利122项，获得专利授权90项；取得计算机软件著作权9项；发表论文92篇，其中72篇被SCI收录。科技成果获得国家技术发明奖二等奖1项，北京市科学与技术奖2项，另有5项科技成果通过部级鉴定。从2000年至今中心已成功举办4届国际生物芯片技术大会，为中国在国际生物芯片领域奠定了一席之地。

在中心主任程京、金奇、王升启、于军、邢婉丽、周玉祥和张亮等领导组成的管理团队的带领下，中心已基本建成了集技术创新、成果转化、综合服务、人才培养于一体，具有国际先进水平的生物芯片研究、开发和产业化基地，已形成年产各类生物芯片配套仪器300多台和年产各类微阵列芯片100多万片的生产能力。中心已有数十项成果进入国内外生物医药市场，建立起了包括基因、蛋白质、细胞和组织“四位一体”的系统化生物芯片技术服务平台，研制开发出了具有自主知识产权和较强国际竞争力的系列产品，其中多种芯片产品属国际首创。中心已经培养出站博士后3名、博士毕业生22名、硕士毕业生30名，中心现有在读博士生22名、硕士生8名、工程硕士生8名。

中心致力于以生物芯片为平台的医学系统生物学研究与开发，先后承担并完成了国家863重大专项课题“生物芯片的研究与开发”以及“973”、“985”、国家自然科学基金等重大课题和攻关项目，在生物芯片的若干关键技术领域取得了一批具有自主知识产权的原创性技术成果。中心自主研发的生物芯片相关产品与服务包括各类生物芯片、生命科学仪器、软件与数据库、生物材料与试剂、对外技术服务等五大类共60余项，已陆续投放市场并远销欧美等二十多个国家，为科学研究、生物安全检测、药物开发和临床诊断等诸多应用领域提供了“全新的高通量技术平台和整体解决方案”。

2007年9月29日，国家发展改革委在北京市主持召开了生物芯片北京国家工程研究中心（以下简称中心）项目竣工验收会议。验收委员会由国家发展改革委张晓强副主任担任主任，北京市吉林常务副市长、中国工程院邬贺铨副院长、总后勤部卫生部陈新年副部长、沈倍奋院士担任副主任，相关领域的专家和有关部门的负责同志共20人组成。按照《国家工程研究中心管理办法》（国家发展改革委第52号令）和原国家计委对生物芯片北京国家工程研究中心项目可研报告的批复要求，验收委员会在听取项目建设总结报告、北京市发展改革委的初步验收意见，审阅了相关文件并进行了实地考察，经过认真审议和充分讨论，认为：中心验收资料齐全，建设投资使用合理，内部管理完善，运行情况良好，研究开发、成果转化与产业化能力处于国内领先和国际先进水平，已完成了国家下达的建设目标和任务。中心已逐步发展成为我国生物芯片产业中集技术创新、成果转化、技术服务与推广、复合型人才培养等于一体的重要基地，已成为推动我国生物芯片产业创新发展的重要力量。验收委员会一致同意通过竣工验收，并建议相关部委和北京市各级部门继续支持生物芯片北京国家工程研究中心的发展。

伴随我国生物芯片行业的快速发展，为了充分发挥生产、管理、科研等各方面专家在各个行业、产业、企业、组织、机构的标准化工作中的作用，广泛开展生物芯片领域的标准化工作，进一步规范生物芯片产业的管理，促进这一新兴产业的有序发展，2008年10月23日，根据国家标准化管理委员会的批复和相关要求，全国生物芯片标准化技术委员会成立大会及第一次全体会议在京召开。国家标准化委员会、国家发展和改革委员会、教育部、科技部、卫生部、国家质检总局、清华大学、北京出入境检验检疫局的领导和技术委员会全体委员出席了会议。

生物芯片标准化技术委员会是经国务院标准化主管部门批准成立, 由国务院标准化主管部门领导，国家质检总局负责业务指导，北京出入境检验检疫局作为承担单位、生物芯片北京国家工程研究中心作为秘书处单位负责日常管理。第一届全国生物芯片标准化技术委员会由40名委员组成，生物芯片北京国家工程研究中心主任程京为主任委员，吴永宁、陆祖宏、周宏灏、康熙雄任副主任委员，生物芯片北京国家工程研究中心常务副主任邢婉丽任委员兼秘书长。全国生物芯片标准化技术委员会的主要任务是按照国家有关方针政策提出生物芯片专业标准化工作的方针、政策和技术措施的建议，负责全国生物芯片标准化的技术归口工作，负责生物芯片的基础、相关产品及检测方法领域的国家标准制修订工作。将按照《全国专业标准化技术委员会章程》及国家标准委有关规定进行管理。中心以市场为导向，在中国成功地探索出了一条“中心+公司”的企业化运行模式，具备了持续的技术创新能力和成果转化能力，走上了良性循环的发展轨道。

2010年10月16日，博奥生物有限公司暨生物芯片北京国家工程研究中心（以下简称“生物芯片中心”，前身为清华大学生物芯片研究与开发中心）成立十周年庆典在博奥生物有限公司北京总部举行。中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林为生物芯片中心十周年庆典专门发来贺信。清华大学党委书记胡和平出席会议并讲话。博奥生物有限公司董事长周立业代表公司致欢迎辞。庆典上，中国工程院院士、清华医学院教授、公司创始人兼总裁程京院士还代表博奥生物有限公司与解放军总医院、北京大学人民医院分别签署了转化医学战略合作协议，与美国罗氏公司签署了战略合作谅解备忘录。 清华大学党委书记胡和平代表学校对中心成立十周年表示热烈祝贺。他表示，生物芯片北京国家工程研究中心是国家创新体系的重要组成部分。中心创立以来所取得的成就，首先归功于国家的战略决策的正确和大力扶持。作为建设单位，清华大学一直把发挥自己的特点优势、为中心贡献自己的一份力量作为光荣使命，中心的发展正是清华大学产学研结合、成果转化的典范。胡和平指出，在这十年的发展中，清华大学珍惜与中心的各方合作，以大学的前瞻性学科布局为博奥生物芯片中心培育种子，以大学的综合学科优势和人才培养为工程中心提供发展支撑，以大学的体制创新为工程中心探索了成功的制度模式。胡和平还表示，在清华大学即将迎来建校100周年之际，学校一定继续支持生物芯片中心的发展，进一步发挥学校产学研结合的优势，深化科研体制创新，为国家自主创新体系建设作出新的贡献。

庆典上，中国工程院院士、清华医学院教授、公司创始人兼总裁程京首先向现场来宾汇报了生物芯片中心成立以来的自主创新成果。生物芯片中心以其特有的“中心+公司”的形式走过了十年历程，成功探索出一套建设国家工程研究中心的新模式，构建起了中国的生物芯片产业链，培养了一批技术-产业复合型人才，实现了中国生物芯片行业的快速发展。迄今为止，中心已拥有国内外授权专利120余项，专利实施率达60%，研究开发出十多项世界领先的、具有市场竞争力的自主创新产品，产品广泛应用于生物、医学、药学等领域。

国家发改委副主任张晓强、解放军总后卫生部副部长王玉民、国家科技部基础司司长张先恩、国家卫生部科技教育司司长何维、国家人口和计划生育委员会科技司司长张世琨、国家自然科学基金委副主任沈岩院士、国家疾控中心主任王宇、中国工程院学部工作局谢冰玉副局长等领导和专家也在庆典上先后致辞。

中国科学院和工程院的12位院士，以及来自政府机关、学术界、医疗行业和企业界的170余人参加了此次庆典活动。

中心以清华大学、中国医学科学院等科研单位为技术依托，致力于集成医疗领域开发和提供创新型产品和服务，并着重以市场为导向、产业化为目标，依靠自主创新，现已迅速发展成为国际领先的生物高新技术公司。