生物自净是生物类群通过代谢作用（异化作用和同化作用）使环境中的污染物数量减少、浓度下降、毒性减轻以至消失的现象，是环境自净的发生机理之一。

生物群体通过同化和异化的代谢作用，使环境中污染物的数量减少、浓度降低、毒性减轻而直至消失的过程。植物能吸收土壤中的酚、氰，在体内转化为酚糖甙和氰糖甙；球衣菌可以把氰、酚分解为二氧化碳和水；绿色植物可以吸收二氧化碳，放出氧气；凤眼莲可以吸收水藻的镉、汞、砷等；有机污染物的净化主要依靠微生物的降解作用。在适宜的温度、空气、养分等条件下，需氧微生物大量繁殖，能将水中各种有机物迅速分解、氧化，转化成为二氧化碳、水、氨和硫酸根、磷酸盐等。厌氧微生物、硫磺细菌等也有重要生物净化能力。

生态系统中的许多生物具有一定的净化环境能力，不同生态系统也具有一定抵御环境污染的自我净化功能。生物净化的原理是通过生态系统中各种生物的代谢活动或其它活动，使环境中的污染物得以固定和降解。

在生物净化中，绿色植物和微生物起着重要作用。

生物自净技术基本原理就是通过一定的技术手段人为放大和强化生态系统的自净能力，从而有效地治理环境污染。

污水生物处理技术的其本原理是利用处理系统中的各种微生物的代谢作用除去污水中的污染物。

1、污水生物处理技术其具体工艺可分为：活性污泥法、悬浮细胞法、生物膜法。

活性污泥是由各种微生物、有机物和无机物胶体、悬浮物构成的结构复杂的肉眼可见的绒絮状微生物共生体。污水在一次沉淀池内，经过初步沉淀去除各种大块颗粒之后，送到曝气池。当污水进入曝气池后，由于曝气机不断排放空气使池内污水与活性污泥充分接触，污水中的有机污染物被活性污泥吸附，有机污染物迅速被好氧微生物分解，污水得到净化。在二次沉淀池内，活性污泥与已被净化的处理水分离。处理水经检测确认达到排放标准后即可排出，活性污泥则在污泥区内进行浓缩，并以较高的浓度回流到曝气池。

2、其它生物净化技术

（1）应用现代生物技术改造的工程菌除污如分解石油的“超级细菌”。

（2）开发废物资源化技术。

（3）选择具有吸收有害气体、吸收粉尘、杀灭细菌不同净化功能的植物。

（4）选择特殊的微生物类群，用于农药、防腐剂等环境污染物的降解