生物法是利用微生物降解代谢有机物为无机物来处理废水。通过人为的创造适于微生物生存和繁殖的环境，使之大量繁殖，以提高其氧化分解有机物的效率。根据使用微生物的种类，可分为好氧法、厌氧法和生物酶法等。

好氧法是利用好氧微生物在有氧条件下降解代谢处理废水的方法，常用的好氧处理方法有活性污泥法、生物膜法、生物接触氧化、生物流化床等方法。厌氧法是在无氧的条件下，通过厌氧微生物降解代谢来处理废水的方法。厌氧法的操作条件要比好氧法苛刻，但具有更好的经济效益，因此也具有重要的地位。开发出的有厌氧塘法、厌氧滤床法、厌氧流动床法、厌氧膨胀床法、厌氧旋转圆盘法、厌氧池法、升流式厌氧污泥床(UASB)法等。通常为了取得更好的处理效果，将好氧法和厌氧法联合使用。武桐等针对草浆造纸中段废水，进行了厌氧折流板反应器(Anaerobic Baffled Reactor，ABR)、序批式反应器(Sequencing Batch Reactor，SBR)及ABR-SBR组合处理工艺的研究，结果表明：ABR的水力停留时间（HRT）为6 h时，废水可生化性由0.2~0.25增加到0.4~0.5；SBR最佳HRT为8 h，单独运行，COD去除率65%左右；ABR-SBR组合工艺中SBR处理效果明显提高，COD去除率达80%左右，且组合工艺处理效果好，COD和BOD5去除率达90%左右，抗冲击负荷能力强。

生物酶处理有机物的机理是先通过酶反应形成游离基，然后游离基发生化学聚合反应生成高分子化合物沉淀。与其他微生物处理相比，酶处理法具有催化效能高、反应条件温和、对废水质量及设备情况要求较低，反应速度快，对温度、浓度和有毒物质适应范围广，可以重复使用等优点。李海英等进行了固定化微生物处理造纸漂白废水的研究。结果表明：固定化细胞的酶活性及AOX去除率均高于自由菌液，对温度和pH的适应范围较宽。在对造纸漂白废水为期1个月的连续处理试验表明，在停留时间为2.4 h时，其去除率可稳定在65%~81%。乔庆霞等进行了选育优势菌处理含氯漂白废水的研究。实验结果表明，优势菌在漂白中段水相对浓度为50%、pH为7.0、菌液量为2 mL时，对废水中有机氯化物和COD的综合处理效果较好。