生物污染物是指废水中的致病微生物及其他有害的生物体。主要包括病毒、病菌、寄生虫卵等各剩致病体。此外，废水中若生长有铁菌硫菌、藻类、水草及贝壳类动物时，会堵塞管道、腐蚀金属及恶化水质，也属于生物污染物。
引起水体、大气、土壤和食品污染的有害生物，称为生物污染物。它的种类很多，主要有危害人与动物消化系统和呼吸系统能病原菌、寄生虫；引起创伤和烧伤等继发性感染的
溶血性链球菌、
金黄色葡萄球菌等；以及可引起呼吸道、肠道和皮肤病变的花粉、毛虫毒毛、真菌孢子等大气变应原。大气中常见的生物污染物有杆菌、球菌、霉菌、酵母菌和放线菌等。受生物污染的水体可带有伤寒、痢疾、
结核杆菌、
螺旋体和病毒，还有吸血虫、痢疾变形虫、线虫、贾第虫以及一些有害昆虫如蚊、舌蝇等的幼虫。土壤中分布最广的生物污染物是肠道致病性原虫和蠕虫类，有的病毒也可通过土壤使人感染。有些微生物如结核杆菌，可在干燥细小的
土壤颗粒中长时间存活。生物污染物主要来源于病人、带菌者和病畜、病禽等，通过空气、土壤、水、食品和食具广涉传播。
生物污染物主要来自城市生活废水、医院废水、垃圾及地面径流等方面。病原微生物的水污染危害历史最久，至今仍是危害人类健康和生命的重要水污染类型。洁净的天然水一般含细菌是很少的，病原微生物就更少。受病原
微生物污染后的水体，微生物激增，其中许多是致病菌、病虫卵和病毒，它们往往与其他细菌和
大肠杆菌共存，所以通常规定用细菌总数和菌指数为病原微生物污染的间接指标。
病原微生物的特点是数量大、分布广、存活时间较长、繁殖速度很快、易产生抗药性，想要消灭它的难度无疑是巨大的。因此，此类污染物实际上通过多种途径进入人体，并在体内生存，一旦时机成熟，就会引起人体疾病。
地下水中生物污染物可分为3类：细菌、病毒和寄生虫。在人和动物的粪便中有400多种细菌，已鉴定出的病毒有100多种。在未经消毒污水中含有大量细菌和病毒，它们有可能进入含水层污染地下水。而污染的可能性与细菌和病毒存活时间、
地下水流速、地层结构、pH值等多种因素有关。
地表水水源包括水库中存在有大量的放线菌和真菌，它们在输配水系统中的非适宜材料（如橡胶）上也能生长。放线菌和真菌会产生土臭素，2一甲基异莰醇和其他物质，使饮用水产生令人讨厌的味道和气味。
水库水和河水中蓝藻和其他藻类的水华，可能会妨碍絮凝沉淀和过滤，使滤后水有颜色并且浑浊。它们电会产生土臭素、2—甲基异莰醇和其他化学物质。而这些物质在饮用水中的味阙值一般只有几个纳克每升。某些蓝藻的产物—藻毒素—对健康也有直接影响，但是蓝藻致嗅味物质的产生似乎与藻毒素的产生并无关联。
无脊椎动物天然存在于许多饮用水供水水源中，常大量滋生于浅滩、开口井等。当颗粒物屏障不完全有效时，少数无脊椎动物会穿透水处理工艺，从而寄存在过滤或输配水系统中，其浮游性使得它们及其幼虫能够穿透水厂的滤池和储水库的通风孔。出于控制的目的，无脊椎动物可分为两个组别。第一组是往水中或水面上自由游动的生物，诸如甲壳类蚤状钩虾、
片脚类生物、剑水蚤和圆形盘肠蚤。第二组是其他无脊椎动物，它们或沿水面活动或定居其中，如水虱、腹足类、斑马贻贝、其他双壳类软体动物和苔藓虫。或者柄居在黏泥中、线虫和
摇蚊幼虫。在暖和的天气里，慢砂滤池有时能释放出小昆虫的幼虫和库蚊到水体中。在某些情况下，这些小昆虫能进行
单性生殖（也就是无性生殖），这会使储水库与配水管的问题恶化。
许多
无脊椎动物能通过摄取水中或管道及储水罐表面淤泥中的细菌、藻类及原生动物而生存。很少有输配水系统是完全没有动物生存的。然而，无脊椎动物群体的密度和组成差别很大，从重度侵染，包括鲜有出现的微小种类。