生物医学方法是从生物学角度剖析、认识机体的结构和功能、病理和病因，对疾病进行防治的一种医学方法。强调这种方法的人认为，每一种疾病都必须并且可以在器官、细胞或生物大分子上找到可测量的形态或化学的变化，都可以确定出生物的和理化的特定原因，找到治疗手段。

生物医学方法是16世纪以后，在近代科学技术革命的推动下逐步形成的，它吸收了近代自然科学的分析方法、实验方法、数学方法的成果，比古代笼统、含糊的整体医学方法有了很大的进步，主要是对人体形态结构、生理、病理、病因的研究比较深入、细致，对诊断、治疗创造了一整套技术手段多、特异性强、行之有效的方法，使医学摆脱了宗教神学的唯心主义观念，从古代的直观和思辨中解放出来，沿着科学的道路不断前进，400多年来，形成了解剖学、生理学、生物化学、微生物学、病理学等50多门医学学科和数百门分支学科，有力地促进了医学的发展。但是，这种方法有它的缺陷，由于强调局部、强调个别、强调分解，使人产生了一种僵化的思想框架，妨碍了对疾病过程多因素综合变化的全面认识。它只注意人的生物属性，但忽视了人的思维属性与社会属性，忽视了心理因素和社会因素在人的发病和疗愈过程中的重大作用，见病不见人，治病不治人，因此，这种方法，不仅在由社会因素或心理因素所致疾病面前束手无策，即使是对生物因素引起的疾病也有很大的局限性。