自然资源的经济评价。据保护资源所允许的最大费用标准与开发资源所允许的最小效率标准，用相应的各种指标对包括工程项目、城市规划、区域规划和
国民经济计划在内的资源开发与保护工作的评价。自然资源经济评价是一个动态概念，各种资源的价值随着社会发展而变化。因此，经过一段时间后（例如10年），需要重新修订自然资源的经济评价标准。
资源利用的生态经济效益计算。先分别计算投入和产出，再用产出减去投入，求得净效益；或用产出除以投入求得
投入产出比。净效益越大或投入产出比越高，说明生态经济效益越好。在计算时，还要考虑近期效益与远期效益的结合，以及生态效益与经济效益的统一等问题。
不恰当的资源利用造成的生态经济损失可用实物量表示，也可用价值量表示。为了便于将不同的损失加以汇总，通常采用后一种方法。生态经济损失中包括明显的直接损失和隐蔽的间接损失，后者往往需要经过多年之后才能完全显示出来。计算某一系统的生态经济损失时，可以采取四种办法：①与情况相似的另一系统进行对照；②建立数理统计模型或系统仿真模型，找出每个因素与损失的关系；③由专家估计每一项损失，然后加总；④通过实验室试验，经过对比，计算出损失值。
生态经济预测。借助于生态经济系统历史和现状的分析，求得对其未来的了解，以减少管理生态经济系统的盲目性。重点在于说明各主要因素变化的方向、速度及其不同组合对于整个系统的影响大小，为决策提供信息，减少不确定因素的影响。全面的预测应包括对系统环境的预测、对系统结构的预测、对效益和损失的预测等。生态经济预测的成效一方面取决于理论的科学性和资料的可靠性，另一方面取决于预测人员的专业素养和分析判断能力。
生态经济计量通常应用于制定生态经济系统的发展计划，确定调整系统结构的政策措施和经济措施，并预计其生态经济后果。在现代生态经济系统日趋复杂的情况下，一般是利用大型计算机对生态经济系统进行反复模拟和计算。计算的方法通常是：建立反映生态经济综合效益的目标函数，建立反映环境对系统各种约束条件的方程式及反映系统内各主要变量间关系的函数式，通过直接求出目标函数极值或若干方案对比的方法，得到优化方案，并在此基础上制定整个系统的规划。
生态经济计量的常用方法有：投入产出法、
控制论方法、运筹方法、计量经济方法、系统动态分析及其他系统仿真方法、统计分析方法等。