生态位分离是指同域的亲缘物种为了减少对资源的竞争而形成的在选择生态位上的某些差别的现象。

五种树莺和两种鸬鹚（见同域物种）在觅食与栖息空间部位的选择上的差别即反映了生态位分离的现象。生态位分离是保持有生态位重叠现象的两个物种得以共存的原因，如无分离就会发生激烈竞争，以致使弱势物种种群被消灭。例如将拟谷盗与锯谷盗共同饲养于面粉中时，锯谷盗在竞争中被消灭。如果向其中放入一根细管子，容许体型较小的锯谷盗爬进去躲避拟谷盗的攻击，这样就实现了生态位分离，使两者共同存在于面粉中。因此，在珍稀物种保存工作中，如发现生态位重叠时，应设法创造条件令两者发生生态位分离。