甘肃省文物考古研究所前身为1958年成立的
甘肃省博物馆文物队，1963年至1968年为甘肃省文化局文物工作队，1968年至1983年恢复原称，1983年12月更名为甘肃省文物工作队。1986年3月，经省委、省政府批准，更名为甘肃省文物考古研究所，县级全额拨款事业单位。2007年1月起加挂
甘肃简牍保护研究中心牌子。主要职责是贯彻落实《
中华人民共和国文物保护法》等文物法律法规，执行上级主管部门下达的文物调查、保护、发掘、研究和宣传等工作任务，同时对各市、州、县文物考古工作进行业务指导。
甘肃省考古研究所是全省唯一具有团体领队资格的考古发掘单位。是甘肃文博系统9个事业单位之一。下设行政办公室、基本建设项目办公室、史前研究室、历史研究室、简牍研究室、图书资料室6个科室。1个国家文物局重点科研基地：寒区旱区生物考古国家文物局重点科研基地（兰州大学、甘肃省文物考古研究所）
核定编制45人，现有在册职工43人，80?为大专以上文博、考古专业人员，现有研究员3人、副研究员8人，中级职称11人，初级职称11人，行政管理及工勤人员10人，全所有10人取得了考古发掘领队资格。退休职工12人。职工年龄结构呈年轻化趋势，平均年龄为35.6岁。
省文物考古研究所1986年至2005年7月办公地点在
甘肃省博物馆院内，2005年7月19日搬迁到兰州市城关区和平路165号，占地面计11.785亩，建筑面积7838平方米。与2007年成立的甘肃省简牍保护与研究中心合署办公。省文物考古研究所成立以来，遵循“保护为主，抢救第一，合理利用，加强管理”的文物工作方针，严格履行对全省不可移动文物进行调查、发掘、抢救、研究、保护和对市州县文博部门的文保工作帮助指导的职责。曾完成
刘家峡水库、
兰新铁路、
宝中铁路、等建设工程前的文物保护调查和西峰北石窟、武山水帘洞石窟的调查。对
秦安大地湾遗址、敦煌马圈湾遗址、天水放马滩遗址、敦煌悬泉置遗址、武威白塔寺遗址、灵台百草坡西周墓群、崇信于家湾先周墓群、敦煌祁家湾墓群、敦煌佛爷庙湾墓群、安西旱湖垴墓葬群和窑址、武山西旱坪墓葬、礼县大堡子山、圆顶山秦公墓及贵族墓地、河西疏勒河流域汉晋墓群、玉门花海毕家滩晋墓群等重大遗址和墓葬的发掘，以及对省内汉长城烽燧的调查工作，其中悬泉置遗址的发掘曾被评为1991年全国十大考古发现之一和八五期间十大考古发现之一，此外，还在国家和我省的公路、铁路、水利、机场、西气东输等基建工程项目中，进行了抢救性发掘工作。
省文物考古研究所多年来除结合田野考古发掘工作，展开了对新石器时代、青铜时代、秦、汉简牍和长城以及佛教考古的研究。至今已发表出版考古发掘报告和有关研究论著等30多部，有数百篇论文等在全国及省内外报刊发表。研究所现藏有价值35万多元的图书15万多册，共有文物藏品63131件，其中一级品921件（组），二级品3520件（组），三级品28056件（组），一般文物30634件。
2022年8月，由兰州大学资源环境学院马敏敏副教授团队与甘肃省文物考古研究所学者合作完成一项新研究： 距今约5500年前，黄土高原西部旱作农业主要种植粮食作物出现从黍到粟的转换。这说明，当时的史前人类已经开始从事以粟为主的旱作农业。
副所长、支 委：张德芳同志分管简牍研究室、技术资料室。主要职责：简牍学的整理与研究、相关学科的建立与管理、考古发掘资料管理、文物库房管理、技术资料室管理、简牍研究中心的筹建。