甘肃省农业工程技术研究院更名前为甘肃省农垦农业研究院。2015年更名为甘肃省农业工程技术研究院。近年来，研究院发展坚持稳中求进，硕果累累，先后获得省科技进步奖3项，发表学术论文100余篇，转化科技成果10余项，育成作物新品种10多个，先后建成国家级试验站、良种繁育中心和省级现代农业试验示范基地、
工程技术研究中心、农业信息化中心。
1984年，经省政府批准、由农垦4所科研单位整合成立了甘肃省农垦科研推广培训中心，隶属甘肃省农垦事业办管理，1999年更名为甘肃省农垦农业研究院，2010年移交省科技厅管理，2015年更名为甘肃省农业工程技术研究院。
2015年1月5日，甘肃省农业工程技术研究院举行揭牌仪式。甘肃省科技厅党组书记、厅长李文卿，市委书记火荣贵共同为研究院揭牌。甘肃省科技厅党组成员、副厅长王彬出席揭牌仪式并宣读了省编办关于甘肃省农垦农业研究院更名的通知。武威副市长陈崇贵出席揭牌仪式。
研究院以“立足河西、面向全省，以农业工程技术的研究开发和技术服务”为基本定位，通过工业和信息技术应用于农业生产、农业先进技术集成示范等途径，以作物创新育种、绿洲农业土壤和节水工程、农机农艺结合、设施农业工程和现代
农业信息技术的研发应用与示范推广为重点，着力建设以实验室、信息中心、科技创新团队、科技服务团队、试验示范基地、科技园区为核心的科研创新平台。今后，研究院将建设成为农业科研、科技服务、科技产业协同发展，科研特色鲜明、创新资源集聚、服务体系健全的现代农业科技创新高地。