中华人民共和国珠海出入境边防检查总站，是国家移民管理局垂直领导管理机构，为正局级。担负着为国把守国门，维护国家主权和尊严的重任，担负着珠海地区所有对外开放口岸出入境人员、车辆、船舶、飞机的边防检查、监护工作任务。

中华人民共和国珠海出入境边防检查总站下辖拱北、港珠澳大桥、青茂、中山、新会、台山、江门、阳江、茂名、湛江、九洲、湾仔、横琴、高栏、万山、斗门、茂盛围、开平等十八个边检站，其中拱北边检站已成为我国陆路旅检第一大站，九洲站已成为水路旅检第二大站。总站目前年验放旅客超过一亿人次。

设有6个内设机构，分别是办公室、边防检查处、信息科技处、政治处、后勤保障处、纪检督察处。

下设4个直属机构，分别是轮训大队、技术保障队、遣返审查所、警务保障中心。

下设18个出入境边防检查站，分别是：

中华人民共和国拱北出入境边防检查站

中华人民共和国港珠澳大桥出入境边防检查站

中华人民共和国横琴出入境边防检查站

中华人民共和国中山出入境边防检查站

中华人民共和国青茂出入境边防检查站

中华人民共和国湛江出入境边防检查站

中华人民共和国湾仔出入境边防检查站

中华人民共和国九洲出入境边防检查站

中华人民共和国江门出入境边防检查站

中华人民共和国茂盛围出入境边防检查站

中华人民共和国万山出入境边防检查站

中华人民共和国新会出入境边防检查站

中华人民共和国高栏出入境边防检查站

中华人民共和国斗门出入境边防检查站

中华人民共和国台山出入境边防检查站

中华人民共和国茂名出入境边防检查站

中华人民共和国阳江出入境边防检查站

中华人民共和国开平出入境边防检查站

2022年5月，珠海出入境边防检查总站港珠澳大桥边检站执勤八队被表彰为“全国优秀公安基层单位”。

2022年4月，珠海出入境边防检查总站拱北边检站执勤十一队被拟表彰为“全国公安机关爱民模范集体”。

虽然珠海特区只有短短的二十多年的历史，可是，珠海边检总站却已经走过五十多个风雨历程，先后进行过九次体制变革，历经公安部队、人民解放军、人民武装警察部队等建制。1998年7月1日，根据《国务院关于北京等九城市边防检查职业化改革试点方案的批复》（国函[1997]76号），珠海边检人又一次褪下军装换警服，踏上职业化改革试点的漫漫征途。 成立以来，珠海出入境边防检查总站本着“维护主权，方便往来”的原则，坚持“把关”与“服务”并进，无论是国际国内政治气候风云变幻的非常时期，还是在今天改革开放经济建设突飞猛进的新时代，边检人员始终以国家利益为重，爱岗敬业、无私奉献，在平凡岗位上创造了不平凡的业绩-----在笑迎五洲宾朋，喜送四方来宾的同时，先后抓获了大批敌、特和犯罪分子，以及企图非法过境者，为共和国创造了和平的政治和经济环境，为珠海特区“两个文明”建设作出了巨大贡献。

1999年，珠海出入境边防检查总站全体干警有幸参与了澳门回归这件世纪盛事，为了这一天的到来，干警们经过了三年紧张的奋战，不辱使命，不负重托，以一流形象、一流的服务、一流的业绩，向党和人民交上了一份满意的答卷，受到了中央、省、市和公安部领导的一致赞扬，一大批民警、职工立功受奖。

目前，珠海出入境边防检查总站正紧紧围绕公安部关于创新社会管理的战略部署，深入贯彻《公安部关于进一步提高边检服务水平的意见》，毫不动摇地坚持“以服务为中心，坚持顺畅通关，坚持严密管控”的新时期边检工作指导方针，进一步解放思想，更新观念，始终把解决对服务中心地位的认识问题置于突出位置，以强化服务理念、专业素质、职业精神“三大支柱”建设，创新边检管理模式，推进长效工作机制建设为重点，大力加强边检工作正规化、专业化、职业化、标准化建设，推动提高边检服务水平工作持续发展。

截至2024年7月7日15时40分，珠海边检总站查验客流量突破1亿人次。

2024年7月1日至8月5日，珠海边检总站已查验出入境人员超2000万人次，查验出入境交通工具超110万辆（艘）次，分别同比增长20%和41%，其中，8月3日、4日周末两天查验出入境人员更是分别达到68.05万人次和65.57万人次，创出历史新高。

截至2024年10月29日21时04分，该总站查验经拱北、港珠澳大桥、横琴、青茂、湾仔、中山港和九洲港等对港对澳口岸出入境人员突破1.65亿人次，已超过2023年全年查验总数，较2023年提前了63天。