现代配位化学国家重点实验室依托南京大学，实验室于1988年在南京大学配位化学研究所的基础上建立起来，1990年起向国内外开放，1991年通过国家验收，实验室为无机化学博士学位授予单位，并设有无机化学博士后流动站。现任学术委员会主任为游效曾院士， 实验室主任为郭子建教授。

现代配位化学国家重点实验室立足于基础研究工作，主要学术方向是与材料科学和生命科学密切相关的功能配合物化学、生物无机化学和固体无机化学。在功能配合物化学方面，着重研究分子基材料的组装，探索新型的分子基磁性材料、导电材料、非线性光学材料、光开关、手性分离材料和纳米器件等；在生物无机化学方面，着重合成具有生物活性的配合物分子，深入研究金属生物大分子的结构，最终在金属药物的设计、合成以及金属酶的模拟等方面取得突破性进展；在固体无机化学和表面化学研究方面，主要是探索新的合成方法，制备新颖的低维、层状和多孔固体材料，研制具有应用前景的有序纳米管、纳米丝等材料。

现代配位化学国家重点实验室现有研究人员31人（教授26人，副教授5人），其中中科院院士1人，博士生导师24人，国家杰出青年基金获得者7名（海外3名），教育部跨世纪人才3名，新世纪人才6名。另外还有实验室管理和技术人员8人，他们为验室的对外开放以及科研工作的顺利进行提供了保障。实验室现有以下现代化大型仪器：MPMS XL-7T型超导量子干涉磁性测量仪，500兆DRX超导核磁共振仪，MALDI-TOF MASS型基质辅助激光解析电离飞行时间质谱, LCQ电喷雾质谱仪，CCD和四圆单晶X-射线衍射仪，穆斯堡尔谱仪，激光拉曼光谱仪，皮秒级荧光光谱仪等。实验室每年批准开放课题约20项，并设有客座人员实验室，可接纳客座人员20人/年，并可接待获得国家教育部资助的高级访问学者5人/年。

2009年3月5日至9日，以北京大学高松院士和中科院高能所柴之芳院士为组长的国家重点实验室评估专家组一行12人来到南京大学，对现代配位化学国家重点实验室、生命分析化学教育部重点实验室进行了现场评估。 南京大学副校长张荣出席了评估会，并对专家组前来指导重点实验室的相关工作表示衷心感谢。学校有关部门负责人以及重点实验室的全体人员参加了评估会。现代配位化学国家重点实验室主任郭子建教授、生命分析化学教育部重点实验室主任陈洪渊院士分别代表两个重点实验室作了2004至2008年度工作总结，向专家组汇报了实验室的建设和发展情况，并回答了专家组成员现场提问。随后，专家组还听取了重点实验室学术带头人所作的代表性成果报告，对重点实验室进行了现场考察，审查其评估材料，并且与实验室部分人员进行了访谈。通过对重点实验室建设的全面考查评估，专家组初步形成了评估意见，并向实验室全体人员及依托单位负责人进行了口头反馈。国家科技部已将2009年度针对化学领域重点实验室评估的具体工作委托给国家自然科学基金委员会，化学学科领域将有22个国家重点实验室接受评估。

1991年以来，实验室承担了国家攀登计划3项，国家重点基础发展计划（973）3项，国家高技术研究发展计划（863） 2项，国家自然科学基金的重大项目5项、重点项目8项和面上基金项目89项，横向项目15项等。共计发表学术论文2050余篇，其中SCI论文1500余篇，专著4本, 专利30余项，鉴定成果2项，技术转让1项。有关配合物的合成和结构工作获国家自然科学二等奖2项、三等奖1项，获教育部提名国家科学技术自然科学一等奖4项、二等奖2项，国家教委科技进步一等奖1项、二等奖5项、三等奖2项，省部级科技进步一等奖1项、二等奖5项、三等奖2项，国家优秀教材奖3项，亚洲化学会基础研究报告奖1项，何梁何利科学与技术进步奖1项。1994年被国家教委评估为A级实验室，1995年在国家计委、科委委托国家自然科学基金会组织的联合评估中评为A级实验室；1999年在国家自然科学基金会组织的联合评估中，在化学类29个实验室中名列第8位；2004年在国家自然科学基金会组织的联合评估中，在化学化工类实验室评比中获得B类第一的好成绩（总排名第6 ）。实验室十分重视并广泛开展国内外的学术交流和合作，多次主办国内和国际学术会议，努力提高我国配化学的基础和应用研究水平。同时，还培养了一大批优秀的研究人才，已经毕业的硕士生和博士生共275人次。