南开大学环境科学与工程学院成立于1998年，其前身环境科学系（1983年建系）是我国综合性大学中最早成立的环境科学系之一。学院2000年首批成为环境科学与工程一级学科博士学位授权点单位，并拥有环境科学与工程
博士后流动站。环境污染过程与基准教育部重点实验室于2007年12月14日经教育部批准在南开大学环境科学与工程学院建设，为期两年，现有人员40人。重点实验室研究内容涉及污染物在水、土环境中的形成过程、生态毒理学机制以及水、土环境基准方面的基础研究。实验室的建设可为我国水、土环境污染控制和水、土生态容量总量控制提供科学依据，保证我国国家层面上环境保护和生态安全的迫切需要：与此同时，进一步提升了我国环境科学基础研究和应用基础研究在国际上的地位和影响力。
实验室拥有先进的仪器设备，包括：液相-多级质谱联用、气相-质谱联用、
ICP、
超临界流体萃取、液相色谱、气象色谱、
原子吸收仪、
原子荧光光谱仪、
红外光谱仪、液体闪烁计数仪、TPC、离子色谱、细胞呼吸仪、PCR、醇标仪、发光菌毒性测试仪、
凝胶成像分析系统、细胞流失仪、
荧光显微镜等。