环境保护部自然生态保护司，负责指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护和农村土壤污染防治政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准。协调并监督相关部门开展生态保护工作
负责指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护和农村
土壤污染防治政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准。协调并监督相关部门开展生态保护工作。组织编制
国家级自然保护区建设规划，并提出新建和调整的各类国家级自然保护区审批建议。指导、协调、监督各种类型的自然保护区、
风景名胜区、森林公园环境保护工作。组织开展全国生态状况评估。监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治和珍稀
濒危物种进出口管理工作。牵头负责生物多样性保护、
生物物种资源（含生物遗传资源）和
生物安全管理工作。负责有关国际环境公约的国内履约工作。组织协调农村环境保护工作，组织指导农村环境综合整治工作，指导生态示范建设与生态农业建设。监督管理农村土壤污染防治工作。承担国家生物安全管理办公室工作。
承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；拟订生态保护规划、法规、规章，并监督执行；拟订生态补偿政策，并组织实施；指导生态示范建设。
拟订农村生态环境保护和农村土壤（包括耕地、山地、林地、湿地、矿区等）污染防治政策、规划、法规、标准、规范及土壤
环境功能区划，并监督实施；组织指导农村环境综合整治工作；监督、指导农村土壤污染防治工作；监督、协调有机食品发展工作；指导全国生态农业建设。
拟订生态功能区划、生态功能保护区和生态脆弱区建设与管理的政策、规划、法规、标准，并监督执行；开展全国生态状况评估；协调和监督湿地环境保护、荒漠化防治工作；监督自然资源开发利用活动中生态环境保护工作；参与监督指导旅游生态环境保护工作。
拟订自然保护区建设和管理的政策、规划、法规、标准，并监督执行；组织新建和调整各类
国家级自然保护区的评审工作；指导、协调、监督检查各种类型的自然保护区、
风景名胜区、森林公园的环境保护工作；组织推动国家公园建设。
拟订生物多样性保护、生物物种资源和
生物安全管理的政策、规划、法规、标准，并监督执行；承担全国转基因生物、外来入侵物种、微生物环境安全、生物环保新技术管理；承担有关国际环境公约的国内履约工作；承担国家生物安全管理办公室日常工作。