负责重大环境问题的统筹协调和监督执法检查。拟订环境监察行政法规、部门规章、制度，并组织实施。监督环境保护方针、政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准的执行。拟定排污申报登记、排污收费、限期治理等环境管理制度，并组织实施。负责环境执法后督察和挂牌督办工作。指导和协调解决各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题和环境污染纠纷。组织开展全国环境保护执法检查活动。组织开展生态环境监察工作。组织开展环境执法稽查和排污收费稽查。组织国家审批的建设项目“三同时”监督检查工作。建立企业环境监督员制度，并组织实施。负责环境保护行政处罚工作。指导全国环境监察队伍建设和业务工作。指导环境应急与事故调查中心和各环境保护督查中心环境监察执法相关业务工作。

负责重大环境问题的统筹协调和监督执法检查。拟订环境监察行政法规、部门规章、制度，并组织实施。监督环境保护方针、政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准的执行。拟定排污申报登记、排污收费、限期治理等环境管理制度，并组织实施。

根据上述职责，设5个内设机构。

1、办公室

承担局内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织拟订环境监察与稽查的政策、法规和规章；指导全国环境监察机构的队伍建设；组织“三同时”监督检查工作；建立企业环境监督员制度。

2、排污收费管理处（简称排收管理处）

拟订排污申报登记、排污收费的政策、法规、规章、制度，并组织实施；建立和管理全国重点污染源数据系统。

3、监察稽查处（简称稽查处）

监督国家环境保护规划的执行；督办重大环境污染违法案件；组织全国环境保护执法检查活动和环境执法稽查；指导环境保护系统环境执法工作；组织实施挂牌督办、限期治理、后督察工作。

4、区域监察处（简称区域处）

组织开展生态环境监察工作和农村环境执法工作；督办重大生态破坏案件；协调解决跨省区域流域环境问题和环境污染纠纷；指导环境保护督查中心环境监察执法相关业务工作。

5、行政执法处罚处（简称处罚处）

组织实施环境行政处罚工作；承担环境违法案件的审查、处理和处罚，并监督行政处罚的执行；组织行政处罚听证工作。