生态环境部南京环境科学研究所（简称南京所）成立于1978年，是中华人民共和国生态环境部直属公益性科研机构，也是中国最早开展环境保护科研的院所之一。

1978年，江苏省革委会决定成立江苏省环境科学研究所。

1983年，江苏省环境科学研究所更名为城乡建设部南京环境科学研究所。

1988年，原城乡建设环境保护部撤销，环境保护部门分出成立独立的国家环境保护局，研究所随之更名为国家环境保护局南京环境科学研究所。

1998年，国家环境保护局升格为国家环境保护总局，作为直属机构，研究所随之更名为国家环境保护总局南京环境科学研究所。

2008年，国务院机构改革，成立环境保护部，研究所更名为环境保护部南京环境科学研究所。

2018年，环境保护部组建为生态环境部，研究所更名为生态环境部南京环境科学研究所。

根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所有在职职工444人，其中中国工程院院士1名、高级职称117人、博士130人。截至2018年10月，研究所有3位专家入选国家环境保护专业技术领军人才、4位入选青年拔尖人才、2位入选国家“百千万人才”、14位专家入选江苏省“333”高层次人才，享受政府特贴专家14人。

中国工程院院士（1人）：蔡道基（专职）

国务院政府特殊津贴专家（7人）：赵克强徐海根高吉喜、蒋明康、薛达元、林玉锁、阎尔平

国家“百千万人才”（2人）：高吉喜、徐海根

国家环境保护专业技术领军人才（3人）：高吉喜、徐海根、刘标

国家环境保护专业技术青年拔尖人才（6人）：龙涛、邹长新、曹铭昌、李海东、汪龙眠、王国庆

根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所有部级重点实验室3个、所属研究中心6个及所属野外观测站7个；此外，还有科技咨询中心5个。

部级重点实验室（3个）：国家环境保护农药环境评价与污染控制重点实验室、国家环境保护生物安全重点实验室、国家环境保护土壤环境管理与污染控制重点实验室

所属研究中心（6个）：自然保护与生物多样性研究中心、生态保护与气候变化响应研究中心、有毒有害化学品生态效应与环境健康研究中心、土壤污染防治研究中心、农村环境研究中心、流域生态保护与水污染控制中心

所属野外观测站（7个）：福建武夷山生物多样性监测基地、西藏生态安全屏障综合监测站、内蒙古科尔沁生态综合观测与生态资产增值试验站、土壤环境管理与污染控制野外研究基地、农药环境风险与监控野外试验基地、太湖流域生态环境研究基地、农村环境综合整治技术与模式研究示范基地

截至2018年底，生态环境部南京环境科学研究所图书馆有期刊71种，图书74类。研究所与南京信息工程大学共享数字资源，数据库总量40余种，累计中外电子图书总量为171万种，电子期刊1.9万种。

根据2019年2月研究所官网显示，自然保护与生物多样性研究中心有办公区和实验区约1238平方米，其中办公室466平方米，实验室772平方米，温室80平方米，建有国家环境保护生物安全重点实验室（2004）和国家环境保护武夷山生态环境科学观测研究站（在建）。共有科研仪器设备643台套，其中大型仪器设备66台套，总价值2800余万元，包括普通化学分析、生态学、植物学、微生物学、分子生物学、土壤学、毒理学等方面的仪器设备。建有温室及野外观测基地/站点27处，总投资1359万元，在江苏南京、徐州以及河南安阳建立了转基因作物野外实验基地，在福建武夷山、江苏盐城等地建立了生物多样性监测示范基地。

根据2019年2月研究所官网显示，生态保护与气候变化响应研究中心实验室购置了便携式地物波谱仪、荧光光谱仪、便携式水中叶绿素测定仪、全自动太阳光度计、便携式光合作用仪、植物根系生长监测系统、植物冠层分析仪、便携式土壤水分测定仪、土壤呼吸测量系统、水蚀测量系统、风蚀测量系统、超便携式自动气象站、地面小气候观测系统等。配置了高精度遥感分类软件、Inpho摄影测量软件、MODIS卫星资料遥感业务系统等软件平台，以及磁盘阵列、图形工作站、数据服务器等。形成了一定的室内测试、外业调查条件和能力，为预警防控生态风险、保障国家和区域生态安全提供了长期观测数据和决策依据。

根据2019年2月研究所官网显示，土壤污染防治研究中心/国家环境保护土壤环境管理与污染控制重点实验室办公和实验室用房分别占地200平方米和400平方米，拥有污染场地土壤及地下水调查、采样、监测的专业设备，建有先进完善的环境分析体系，包括化学分析、生态毒理、土壤修复和环境工程三个专业实验室，各类大型分析检测仪器60多台套，能满足土壤及其他环境样品中无机污染物（重金属）和有机污染物（挥发性有机污染物和半挥发性有机污染物及农药）的定量分析，复杂环境介质中的痕量污染物的快速筛查与定性，水生和陆生生态毒性测定，以及野外现场快速检测等研究工作的需要。此外，建有化工类污染场地修复技术试验平台和野外研究基地。

根据2019年2月研究所官网显示，流域生态保护与水污染控制中心已建成流域水环境监控预警、流域面源水污染防治、仪器分析、水污染治理新技术、饮用水安全保障、水生态模拟及流域水生态修复等8个实验室，面积约265平米。主要仪器设备有荷兰的全自动水质化学分析仪SKALAR SAN++、图形工作站-PC服务器、YSI水质测量系统、美国Agilent公司气相色谱仪、紫外分光光度计、多参数水质测定仪、生物显微成像系统等设备及常规分析仪器。

根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所与联合国环境署、世界自然保护联盟等10多个国际组织，以及美国、德国、荷兰、挪威等30多个国家开展了科研项目合作和人员交流。

截至1999年底，研究所共完成大中科研项目400余项，其中，国家政府部门下达项目100余项，国际合作、资助项目40余项。累计获得国家、省部级科技进步奖38项。联合国环境规划署全球环境500佳1项。

“十五”期间，研究所科研经费总计约1.34亿，全所承担各类创新研究项目近150项，课题涉及973、863、攻关、部门专项等，获得省部级科研成果奖4项。“十一五”期间，科研经费总计约7.2亿，全所承担各类创新研究项目近300项，累计获得国家、省部级科研成果奖20项。 “十二五”期间，科研经费总计约15.6亿，全所承担各类创新研究项目近450项，累计获得国家、省部级科研成果奖46项。

根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所在中国国内外重要学术期刊上发表论文2200余篇，出版专著110余部，获得国家发明和实用新型专利400余项，获国家和省部级科技进步奖50余项，“十二五”以来，全所共主持制订并由国家相关部委颁布实施了140项国家环境保护标准、技术规范、技术政策等。

《生态与农村环境学报》系生态环境部主管、生态环境部南京环境科学研究所主办的全国性学术期刊。学报先后被中文核心期刊（GCJC）、中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊、中国学术期刊评价研究报告（RCCSE）权威学术期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），被中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中文社会科学引文索引（CSSCI）、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、中国期刊全文数据库（CJFD）、中国核心期刊（遴选）数据库、CA、CABI、BA、BP、BD、UPD、GeoBase、ZR、EM、Scopus、AGRIS等中国国内外数据库收录。此外，学报曾获全国优秀环境科技期刊，江苏省优秀期刊。

根据2019年2月研究所官网显示，研究所生态环境部南京环境科学研究所设有1个博士后科研工作站。

博士后科研工作站

生态环境部南京环境科学研究所博士后科研工作站

截至2018年10月，生态环境部南京环境科学研究所有兼职博士和硕士生导师26人。根据2019年研究所官网显示，研究所在站博士后9名，共参加科研项目12项，发表SCI论文4篇，参与制订标准、规范等11项。博士后参与工作形成的成果获得环境保护科学技术奖一等奖和二等奖各1项、以及西藏自治区科学技术二等奖1项。

根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所拥有生态建设和环境工程专业工程咨询甲级资质，市政公用工程（给排水）乙级资质（编制项目可行性报告、项目申请报告、资金申请报告、评估报告）、丙级资质（编制项目建议书）。

生态环境部南京环境科学研究所徽主体为Hb、NIES、绿枝，底色为绿色。其中Hb为环保的首字母组合，绿枝与绿色代表着自然、绿色事业，象征着研究所保护生态环境的使命；NIES为研究所的英文简称。

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