玛杜克神寺始建于公元前18世纪左右，最终形态完成于尼布甲尼撒二世在位期间。神寺包括三个部分，一个大约40X70英亩的院子，里面有一个约25X40英亩的院子，中心是一个神殿。神殿由接待室和圣所组成。圣所内立有大神玛杜克和随从女蛇神的雕像。
玛杜克神寺是祭祀
巴比伦保护神玛杜克的神寺，是
巴比伦城的中心，位于
巴比伦七曜塔南面，玛杜克神寺和七曜塔东面的宽阔街道则向北通往著名的伊西塔门，而西面则是
幼发拉底河，神寺和七曜塔的北面是王宫和
巴比伦空中花园。巴比伦玛杜克神寺位于湖泊中间。湖泊代表了玛杜克的父亲
恩基，是世界众水之源，北面的
七曜塔则代表了众神，神寺则成为世界的中心，其建筑设计充分展示了巴比伦帝国的神学思想。玛杜克本来只是
美索不达米亚众神之一。当
巴比伦成为
美索不达米亚的首都以后，玛杜克的神祇地位通过《埃努摩经》获得提高。《埃努摩经》记述了玛杜克的出生，玛杜克召集天地神祇（Anunnaki），依靠英明决断打败了提马特，而成为了众神之王。巴比伦的
埃利都被称作是神圣之都，玛杜克创造的第一座城市。在玛杜克的统领下，人类接下了众神的
重担。