玛丽·索菲·伊丽莎白（德语：Marie Sophie Elisabeth；葡萄牙语：Maria Sofia Isabel；1666年8月6日-1699年8月4日）葡萄牙国王
佩德罗二世的第二任妻子，1687年至1699年期间的
葡萄牙王后。玛丽·索菲·伊丽莎白是一位很受欢迎的王后，她为人极其慷慨，以挥霍无度著称的葡萄牙国王
若昂五世便是她的儿子。
玛丽·索菲·伊丽莎白在
杜塞尔多夫外的本拉特宫出生，当时，她的父亲
菲利普·威廉是普法尔茨-诺伊堡伯爵领的统治者。1685年，玛丽·索菲的族亲，时任普法尔茨选帝侯
卡尔二世无嗣而终，她的父亲继承了选侯之位，自此，玛丽·索菲一家在欧洲的地位得到了极大的提升。1676年12月，玛丽·索菲的姐姐
埃莱奥诺雷·玛格达莱妮·特蕾泽因其家族女性享有生育能力出众的美名而被神圣罗马帝国皇帝
利奥波德一世选为皇后——在经历了两段婚姻后，利奥波德都没有存活下来的男性继承人。很快，新皇后就完美地履行了她的职责，接连为帝国诞下三位男丁。
此时，葡萄牙也发生了类似的继任危机。葡萄牙国王
佩德罗二世的独生女——贝拉女亲王
伊莎贝尔·路易莎没有孩子，并且由于她体弱多病，再加上葡萄牙严格的王位继承制度，导致大多数欧洲君主都拒绝迎娶这位女亲王。因此，在埃莱奥诺雷·玛格达莱妮的鼓动下，葡萄牙大使曼努埃尔·德·席尔瓦-特莱斯前往
海德堡向玛丽·索菲求婚。使馆官员于1686年12月8日离开
里斯本，1687年5月22日，双方签署了婚姻合同。玛丽·索菲获得了10万弗罗林的嫁妆。
1687年7月2日，玛丽·索菲与佩德罗的代理婚礼在海德堡举行，随后，她于8月离开了她的祖国。玛丽·索菲的船队沿着
莱茵河向上行驶，全体宫廷人士都站在岸边向她致敬。玛丽·索菲在
布勒伊拉登上了一艘由
詹姆斯二世国王提供的英国帆船，在已故英国国王
查理二世之子格拉夫顿公爵亨利·菲茨罗伊的陪同下，玛丽·索菲被英国舰队护送至
普利茅斯。1687年8月12日，伴随着一场盛大的庆祝活动，新王后玛丽·索菲抵达里斯本。同日，在里斯本大主教的主持下，这对夫妇的正式结婚仪式在里贝拉宫举行。据说，佩德罗的选择让
路易十四“非常恼火”，因为前者迎娶了普法尔茨选帝侯的女儿，而非路易十四所希望的法国公主。这位年轻的王后很快就赢得了继女伊莎贝尔·路易莎的喜爱，后者只比玛丽·索菲小三岁。佩德罗也很爱玛丽·索菲，这对夫妇在结婚一年后就有了儿子。但他们的长子只活了三周，不过一年后，玛丽·索菲就又生下了一个儿子，即未来的葡萄牙国王
若昂五世。若昂五世成年后迎娶的妻子便是他姨母埃莱奥诺雷·玛格达莱妮皇后的女儿——奥地利的
玛丽亚·安娜女大公。