万历四十七年（1619年），王振奇考中进士，被授予工部营缮司主事一职，并负责监督修建天坛的工程。在掌管节慎库期间，他通过精简开支，将节省下来的资金用于支持皇家陵墓的建设。当时，同僚
万燝因负责陵墓工程而触怒了权臣魏忠贤，结果被当场杀害，朝中官员无人敢为其发声。唯独王振奇挺身而出，上疏为万燝申冤，言辞激烈。因此，他得罪了
魏忠贤，几乎遭遇不测。魏忠贤倒台后，王振奇的仕途得以转机，被调任为屯田员外郎，后又调任主客司郎中。
天启五年（1625年）五月，王振奇升任四川布政使司右参议，并兼任按察司佥事之职，负责提督学政事务。在督学四川期间，他公正无私地选拔人才，还慷慨解囊，用自己的俸禄资助四川的军饷。
崇祯五年（1632年）正月，朝廷对延绥镇（今陕西榆林一带）连续三次取得的军事胜利进行了功绩的评定和嘉奖，王振奇在原职基础上加衔一级。三月，王振奇由陕西按察使升任陕西右布政使。十二月，王振奇详尽地陈述了当地安全稳定与治理方面存在的七项重要问题及改进建议：“一是被裁撤的驿站应当恢复设立，以保障通讯畅通；二是进贡制度应当整顿，确保规范有序；三是屯田政务需清理整顿，提高生产效率；四是针对盐业管理中存在的阻碍与不畅，应当疏通解决，促进盐业健康发展；五是兵马粮饷的供应需妥善筹划，确保军队后勤保障充足；六是加强对边疆三处军队的操练，提升战斗力；七是监军之职的纪律必须严明，以维护军纪军风。”这份奏章随后被下达至相关部门，要求他们仔细斟酌并讨论实施的具体方案。
后来，王振奇升任都察院右佥都御史，并巡抚宁夏。在宁夏任职期间，王振奇亲自巡视各个堡垒要塞，评估地形险要之处，加强甲兵训练，提升火器使用技能，并确保了充足的粮食和军饷供应。然而，由于长期的劳累和付出，他最终因积劳成疾，在任上去世。朝廷得知后，特旨给予他追赠和抚恤，并恩荫他的一个儿子担任锦衣卫同知。同时，他还被祀于乡贤祠中，以表彰他的功绩和德行。