玉皇阁遗址在济青高铁建设开工之初，山东省文物考古研究所及桓台县文物局就对沿线的文化遗址进行了勘探。山东省考古所济青高铁考古队在玉皇阁村东北角进行调查勘探时，发现该处遗存丰富，确认为新发现文物点。
遗址南邻乌河，正处于山东邹平丁公遗址至临淄桐林遗址这一古代交通线上，向东约20公里即为临淄齐国故城。遗址内涵丰富，已发现了部分龙山文化、商代晚期、西周早期、战国、汉代时期的陶片。
桓台县文物管理局相关负责人表示，待山东省文物局批复后，专家将对玉皇阁遗址进行全面考古发掘研究。
2021年12月，入选第八批河南省文物保护单位名单。