玉皇庙镇中心小学始建于1958年，前身为商河县第三中学、1997年更为现名。学校占地面积40000余平方米，学校总建筑面积16600平方米，其中教学楼8600平方米，学校各仪器室、功能室基本达到国家配备标准。现有一至六年级18个教学班，在校生1100余人。
2011年，镇党委政府高瞻远瞩，提出了“办全市最好的乡村教育”的
目标，我校校舍升级改造工程随即全面展开。玉皇庙镇中心小学工程自2012年3月20日奠基动工，学校设施按照省级规范化学校建设，工程总投资2500余万元。全部投入使用后，可容纳40个教学班，2000余名学生就读。其中餐厅楼面积1600余平方米，可容纳1200余名学生就餐，两栋公寓楼6400余平方米，可容纳1600余名学生住宿。整个工程建设高起点、高要求、高效率和高质量，为实现我镇打响教育品牌奠定了良好的基础。
全校上下齐心协力，秉承学校的优良传统，坚持以“办全市最好的乡村小学”为工作目标，坚持“抓内涵，促发展；强管理，创特色”的办学理念,在工作中狠抓各项工作落实,讲求工作实效,教育教学质量全面提高，教育教学成绩一直在全县名列前茅。历年被评为商河县“教书育人先进单位”，2005年被评为商河县“规范化学校”，2006年被评为“济南市少先队工作（三星级）规范化学校”，同年，被评为济南市“绿色学校”，2007年被评为商河县“青年文明号”，商河县“教学示范校”。2009年被评为“省级绿色学校”,2010年被评为市级规范化学校，2011年被授予“山东省教学研究室十二五研究课题课题实验学校”。