唐武德七年(624年)五月，高祖
李渊首次在玉华山凤凰谷初建了仁智宫。仁者乐山，智者乐水；仁智者，有山有水也；仁智居，谓山水景胜之居。玉华山山清水秀，正副其称。此地除避暑外，亦有军事意义。贞观二十一年，太宗李世民将仁智宫扩建，并改名为玉华宫，此时玉华宫的规模已是“十殿五门”，用于皇宫内高层人士来消夏避暑。仅三年宫龄就有了丰富的史实：唐王驾幸玉华宫；天竺方士制妙药；玄奘奉诏来消夏，并受赐袈裟剃刀；皇帝亲撰《圣教序》，复又御制《玉华宫铭》；太子奉敕制“序记”，有奉和而制铭赋；太宗飞白在玉华、宰相养疾且病故等。玉华宫在我国帝王的四大行宫中名列首位。贞观二十三年(649年)五月，唐太宗去世；其子继位为高宗皇帝。时全国遭灾，高宗诏告天下，以灾害是为自己“不德”而起的，遂遗使“赈贷贫乏”。为此，也为纪念父皇，在永徽元年(650年)九月，敕废玉华宫，改为玉华寺。此后又应玄奘法师之请，于显庆四年(659年)将玉华寺赐供玄奘法师翻译佛经。陕西最为宏大最为秀美的帝王行宫遂改为佛教寺院。
唐太宗在位时，曾诏玄奘法师同往玉华寺避暑，并在玉华寺为玄奘法师所译《
瑜伽师地论》作序，就是著名的《
大唐三藏圣教序》。公元659年，玄奘法师率门徒高僧来到玉华寺，重译《
大般若经》，于公元663年完成。这部20万颂600万字的煌煌大典，是玄奘法师在玉华寺所译十四部经卷中最大的一部。《大般若经》不仅是法相宗而且是佛教的一部根本大典。玄奘法师所译的《大般若经》，文字贯练，用语精当，还修正了旧译中的许多讹谬，“一语之安坚如磐石，一义之安灿若晨星”，开辟了中国译经史的新纪元。玄奘法师回国后的十九年中，共译经论75部共计1335卷，平均每年译经70卷，而在玉华寺的四年共译经682卷，平均每年译经170卷。为纪念法师在玉华寺译经所取得的巨大成就，人们称他为“玉华法师”。麟德元年(664年)二月五日，玄奘法师
圆寂于玉华寺肃成院。
历史的变迁与劫难使得：山川依旧遗迹犹在，往事悠悠而古刹无存。玉华寺的“正宫”“东宫”“西宫”遗址今仍明显可见佛门重宝金刚座、佛足印即在这里出土。随着各项宗教政策的逐步落实，各级政府为修复玉华寺做了大量工作。1993年
赵朴初会长为铜川题写了“玉华宫”“肃成院”(在正宫，是玄奘法师译经处)。1997年12月28日赵会长接见铜川有关人士时对修复玉华寺等发表了重要谈话。1998年5月，铜川市佛教协会会长正竖法师在玉华寺遗址主持了隆重的修复玉华寺典奠基典礼。参加典礼的有全国各地的几十位高僧大德，全国各地的数百名居士。根据规划修复玉华寺的计划将逐步完成。