玄都宝藏为元代编纂的道藏。元太宗九年(1237)，道士宋德方、秦志安搜求遗经，计划重刊《道藏》。历时八年，成《藏》於元乃马真皇后称制的第三年(1244)，共七千八百余卷，仍取名《玄都宝藏》，经板存於平阳玄都观。元世祖至元八年(1281)，诏令焚毁除《道德经》以外的其余《道藏》经文印板。据考证，现存《正统道藏》所收《
道藏阙经目录》中著录的许多道书，就是在元代焚经后缺佚的。
金代御用道观天长观的飞玄阁藏有宋朝道藏《
万寿道藏》，但卷帙不全。1186年孙明道奉诏提点天长观，有意补缀观内道藏。1188年，金世宗下诏移送开封的道藏经板到天长观，又以金中都玉虚观所藏道藏补充天长观所阙的道经，使天长观有一套较完整的道藏。
金章宗于1189年下令孙明道编印道藏。孙明道分遣道士四出访求遗经，求得遗经1074卷，补充原有5481卷的《
万寿道藏》；道士赵道真则为雕版版材作募捐。至1092年编成《玄都宝藏》，共6455卷，602帙。
蒙元时期的《玄都宝藏》共7,800多卷，于1237年至1244年间由全真教编印，主编是全真教第三代门人
宋德方 （公元1183-1247）。
全真教第五任掌教
丘处机（公元1148-1227）仙游前已指示弟子重编道藏。金末战乱之后，山西绛州城玄都观所藏道经尚存，
宋德方继承先师之志，以玄都观为刻书总局，参校宋朝的
道藏目录，以《大金玄都宝藏》为基础，补充残缺，搜罗遗经，校对订正﹐并加入
全真教著作，如其弟子秦志安的《金莲正宗记》、《仙霞录》等，编成道藏7800多卷。
除
宋德方与秦志安外，李志全、王志谦、毛养素（公元1178-1259）等
全真教第三、四代门人，都参与编刊《玄都宝藏》。亦有官员襄助其事，如蒙古丞相胡天禄曾捐出巨资，沁州长官杜丰(1190-1256)则向朝廷请求雕造道藏。
为刊刻经板，
宋德方在北方各地设立27局，各局都有道士负责校对，由弟子秦志安总督，役功三千多人，印成道藏30套，仍称《玄都宝藏》，交予著名宫观收藏。其后加印至120套。《玄都宝藏》的经板则全套收藏在
全真教三大祖庭之一山西河东县的
永乐宫。
李志常继丘处机、尹志平之后掌管道教，声势显赫，急于扩大教势，纵容道教在各地强占佛寺、山林、水土达482处，改寺为道观，毁佛菩萨像改立道教神像，甚至破坏儒家孔庙，并将最初由西晋道士王浮伪造的《老子化胡经》及新制作的所谓《老君八十一化图》等雕板印行，四处散发。蒙哥皇帝特召少林福裕及道教掌教者李志常等入宫，与丞相、贵戚、大臣等一起，当面听他们辩论。李志常推说雕印《化胡经》、《八十一化图》等皆是“下面歹人做来”，自己并不知情，对于各地道教强占寺院土地的事，也表示愿意退还。蒙哥皇帝降旨对道教造伪经、毁坏佛菩萨像、改塑老子像者要治罪惩罚，并勒令退还佛教寺院37所，然而道士拒绝归还。元宪宗八年（戊午，1258）七月，蒙哥皇帝命忽必烈亲王召请各地僧、道两宗，并包括儒者在内所谓“九流名士”到上都和林的皇宫聚会，围绕道教的《老君八十一化图》、《化胡经》等进行辩论，道教所持的《八十一化图》、《化胡经》又破绽明显，漏洞百出，辩败是在意料之中的。
元朝忽必烈（公元1260-1294在位）开始打击
全真教，于1281年下令各路焚烧《道藏》，并焚毁
永乐宫所藏经板。明代的《
正统道藏》以残阙的《
玄都宝藏》为基础，仅有5305卷，远少于《玄都宝藏》的7800多卷。
《大金玄都宝藏》已经亡佚，于民国时期尚有零星残页，至今不知下落。《玄都宝藏》则尚有4卷存世，即《
云笈七签》卷95及卷111-113，分别庋藏北京与台北。2002年北京曾拍卖《玄都宝藏》之《
云笈七签》一纸，拍卖价逾4万元。