来儿童会的夏令营的小学生
八神太一、
武之内空、
石田大和、
泉光子郎、
太刀川美美、
城户丈、
高石岳7人被突如其来的暴风雪与其他孩子们离散，他们躲在山中的庙里等待风雪过去。但是，从庙里出来之后便目睹了在日本不可能发生的极光现象，而且有神秘的机械从天而降。7个孩子们更是被这个机械神秘力量所发生的大瀑布吸入进去，醒来时到了一个未知的地方，并在那里与等待自己多时的名为“
数码怪兽”的神秘生物邂逅。
文件岛开放通信畅通后出现的神秘老人，给孩子们提供了冒险建议。在光子郎的笔记本电脑上安装了数码兽分析器，是位值得信赖的人物。其真实身份是「期望数码世界安定者（小说版称“恒常性”）」的代理人。
玄内在帮助被选召的孩子们的过程中扮演了一个幕后的角色。他召集他们到服务器大陆击败
猿猴兽，帮助他们穿过
吸血魔兽的异次元之门，他给泉光子郎一个数字屏障程序，并且告诉他们最终敌人
启示录兽的存在。
玄内首次出现在
被选召的孩子们面前时是一位非常衰老的老人，但当
八神光被光之力附身并让他们一窥数码世界的历史时，他被看到是一个身着长袍和兜帽的年轻人，显然是他同类中的一个。玄内和他的团队创造了数码器、吊坠和纹章，还有搭档数码兽。然而不久，
黑暗四天王发现了他们的计划，小丑兽连同大批的
守卫兽和
机械载物兽入侵并摧毁了秘密基地，除了玄内之外所有人都丧生。小丑兽偷走了吊坠和纹章，但是玄内攻击他打断了他的行动。小丑兽将一个神秘的黑色球体插入到玄内体内，玄内跳进一台
机械载物兽，带走了所有的数码器和数码蛋，除了途中丢失了迪路兽的。
本作中玄内以前所未有的年轻面貌重新出现，并在两个世界往来帮助“被选召的孩子们”。他求得
青龙兽的一个数码核心而使一代八只数码兽重新获得超级进化到完全体的能力（在第一作与本作故事之间的某个时刻，玄内曾把被选召的孩子们再次召回数码世界，请求他们放弃纹章的力量以为数码世界增加另一层保护，他们照做了。），这也使得
机甲龙兽能够进化成
帝皇龙兽：龙形态。
他在“被选召的孩子们”被帝皇龙兽带到的地方都有对应的分身。包括在美国
纽约的斑哲明、在香港的积奇、在
澳洲的玄格烈、在
墨西哥城的何西、在莫斯科的
以利亚，他们的样子都跟第二部的玄内一样，其中一个声称他和玄内曾经是一体的。很可能在第一部系列闪回中与他一同出现的人也是原始玄内的复制品，实际上他是一个单独的实体。
真正的玄内和二代被选中的孩子被关在生命维持装置里沉睡。直到
西岛大吾与
八神太一一同掉入地缝后发现该处秘密基地以及胶囊中的
本宫大辅他们。
玄内通过电脑来到
八神太一家中，并向太一揭示了数码宝贝伙伴消失的真相。他告诉太一和亚古兽，在被选召的孩子中，数码宝贝伙伴消失的例子早已有过。但他也表示，如果被选召的孩子仍然拥有无限的可能性，他们仍然有可能和数码宝贝重逢。
当
秋山辽来到数码世界后，玄内接见了他。他还指导了秋山辽接下来应该挑战哪些迷宫，以便打败
千年兽及其手下。
“双人驯兽师“事件不久后，秋山辽再一次被送到数码世界，玄内和
妖精兽透露，D-1锦标赛是由
四圣兽举办的，获胜者将与玩家在问卷中选择的四圣兽搭档。