1940年10月，日军大举进攻龙泉，国民党团长高翔奉命守卫龙泉县。高翔和日军激战三天三夜，最后仅剩下数十人，但城池未让日军攻下一分一毫。然而派来支援高翔的八路军胡天华部迟迟未到，最终导致龙泉失陷。高翔和剩下的战士们来到龙牙山，遇到了正和日军交战的女匪首徐牡丹。高翔、胡天华摒弃前嫌，联手作战，帮徐牡丹击退日军。高翔服从上级命令，留下来招安龙牙山土匪；而一心想杀敌雪恨的胡天华也留下来拉拢土匪武装为其卖命。两股势力为了争取土匪武装在龙牙山展开交锋。在历经诸多磨难后，徐牡丹对高翔青睐有加，胡天华也被足智多谋的高翔所折服，和土匪一起加入了八路军。在高翔的带领下，龙牙山的土匪被改造成抗日劲旅“龙牙抗日纵队”，最终消灭了以加藤一雄为首的龙泉日军。
《独立纵队2》在延续《
独立纵队》中原有风格的同时，又融入了现有人性题材的一些新鲜元素和视角，既有
谍战剧惊心动魄的尔虞我诈和明争暗斗，又有爱情剧的荡气回肠与催人泪下，以及枪战片、动作剧、
爆破戏的激烈场面，再现了
20世纪中国各阶层人民与日本侵略残部的人性化的斗智斗勇的“战争场面”（
网易评）