在Microsoft Windows操作系统中，特殊文件夹（Special Folder）是一个抽象的，在用户界面上的文件夹，它不是一个绝对文件路径。 这使得应用程序将询问系统某一类别文件的合适位置成为了可能，并且不受版本和语言的系统限制。

Windows 使用“特殊文件夹”的概念来代表保存在计算机中的内容，这使得用户无需再处理绝对文件路径，并且可以在不同系统以及不同应用程序之间修改。这个思想自Windows 95时代便已经开始，在后来每一版本的操作系统中都有将其完善和增加新的功能。

微软的“为Windows而设计”（Designed for Windows）标志要求程序必须使用特殊文件夹来保存文档和设置。

一个特殊文件夹可以被映射于一个物理地址，或一个“特殊的”文件夹。因此，特殊文件夹与环境变量类似。 事实上，很多在用户层面设置的环境变量是由特殊文件夹的指向来决定的。

然而，特殊文件夹事实上不存在于文件系统中；他们代表了Windows资源管理器中的树形文件夹导航。这与Windows Shell 名字空间类似。在Windows XP系统中，根级的名字空间是桌面，它包含了我的文档，我的电脑，网上邻居和回收站。一些与特殊文件夹相关联的文件夹在物理上也确实存在。Windows资源管理器将特殊文件夹以及它的关联文件夹一并联合起来显示。例如桌面在用户个人文件夹中存在。

在计算机领域，虚拟文件夹（英语：Virtual folder）通常指管理一批文件的一个虚拟的文件夹，它不依赖于目录树层级中的位置，而是由软件将数据存储中的结果合并显示。这可能是一个数据库或自定义索引，然后在文件夹视图中以可视方式呈现它们。虚拟文件夹可以被认为是列出具有特定标记文件的一个视图，在需要时即时将动态内容模拟为一个文件夹并呈现。在计算机科学中有几个相似的理念，包括已保存的搜索、已保存的查询和过滤等。

虚拟文件夹为用户提供一种更方便方法管理一批内容相关的文件。根据用户所需的特定标准的或所有的文件被聚合到一个虚拟文件夹。虚拟文件夹中的文件不限于硬盘上的某个物理位置，也可能其他形式。事实上，虚拟文件夹中的文件甚至可以并未存储在硬盘上，它们可以是网络共享或自定义应用数据库中的内容，例如邮件或其他数据库。

文件“不能”被存储在虚拟文件夹中，因为那本质上只是一个文件存储的搜索查询。尝试存储文件到虚拟文件夹可能遇到多种情况，取决于软件实现，文件可能被重定向到某个物理存储空间。

大多数实现都会预先索引硬盘或特定位置上的文件以加速搜索，这样在搜索开始时可以查询索引以快速展现和完成搜索任务，避免等待索引和查询整个文件夹结构。

Windows 资源管理器（Windows Explorer），是Microsoft Windows操作系统中浏览电脑中档案与文件夹结构的基本工具。

打开Windows 资源管理器的窗口称为“浏览”窗格，可以为任何文件进行排序，把地址转成文件夹形式供用户查看，并且列出文件详细数据，或是查看缩略图等；并且用户可以在Windows 资源管理器进行文件移动，将文件从一处移动到另一处，也可以直接更改文件名称。在任务管理器内名称皆为explorer.exe。