牡丹园东公交车站是北京交通网络重要站点之一。
上行：北京西站(北广场) - 北京世纪坛医院 - 皇亭子 - 军事博物馆 - 木樨地西 - 木樨地北 - 西城三里河 - 三里河东口 - 二七剧场路北口 - 儿童医院路口西 - 月坛体育场 - 阜成门南 - 阜成门北 - 西直门南 - 索家坟 - 文慧桥北 - 明光桥北 - 蓟门桥 - 蓟门桥北 - 塔院小区南门 - 牡丹园西 - 牡丹园东 - 健德门桥东 - 北土城西路东口 - 安贞西里 - 中国科技馆东门(共26站)
下行：中国科技馆东门 - 安贞西里 - 北土城西路东口 - 健德门桥西 - 牡丹园东 - 牡丹园西 - 塔院小区南门 - 蓟门桥北 - 蓟门桥南 - 明光桥南 - 文慧桥南 - 索家坟 - 西直门南 - 车公庄南 - 阜成门北 - 阜成门南 - 月坛体育场 - 儿童医院路口东 - 二七剧场路北口 - 三里河东口 - 西城三里河 - 木樨地北 - 木樨地西 - 军事博物馆 - 皇亭子 - 北京世纪坛医院 - 北京西站(北广场)(共27站)
中国科技馆东门→北京西站全程17.349公里；北京西站→中国科技馆东门全程17.333公里。
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北京345快车[电子地图]
公交集团线路(1-599路) 德胜门西5:30-22:00 朝凤庵村5:30-22:00 12公里以内票价1元，每增加5公里以内加0.5元。持卡乘车普通卡0.40元/次、学生卡0.20元/次。 北京公交集团第一客运分公司
上行：德胜门西 - 积水潭桥北 - 北京师范大学 - 铁狮子坟 - 北太平桥北 - 牡丹园东 - 沙河 - 沙河北大桥 - 西环南路 - 昌平南大街 - 中国政法大学(昌平) - 昌平东关 - 朝凤庵村(共13站)
下行：朝凤庵村 - 昌平东关 - 中国政法大学(昌平) - 昌平南大街 - 西环南路 - 沙河北大桥 - 沙河 - 马甸桥南(主路) - 德胜门西(共9站)
全程40.905公里，全程票价4元。周一至周五早6:20-7:24，朝凤庵村-德胜门西方向发出“西环南路-马甸桥南”一站直达大站快车。每日早5:10德胜门西发一班沙河北大桥区间车。
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北京510路[电子地图]
公交集团线路(1-599路) 双泉堡东5:30-22:00 牡丹园西5:30-22:00 无人售票线路，单一票制1元。持卡乘车普通卡0.40元/次、学生卡0.20元/次。 北京公交集团第一客运分公司
上行：双泉堡东 - 双泉堡 - 花虎沟 - 融域嘉园 - 京师园北门 - 倚林佳园东门 - 澳林春天小区 - 林萃路 - 北辰西路北口 - 奥运村东 - 北辰西路 - 国家体育馆 - 北辰西桥北 - 北辰西桥南 - 华严北里 - 健德门桥东 - 健德门桥西 - 牡丹园东 - 牡丹园 - 北太平桥西 - 牡丹园西(共21站)
下行：牡丹园西 - 牡丹园东 - 健德门桥西 - 健德门桥东 - 华严北里 - 北辰西桥南 - 北辰西桥北 - 国家体育馆 - 北辰西路 - 奥运村东 - 北辰西路北口 - 林萃路 - 澳林春天小区 - 倚林佳园东门 - 双泉堡东(共15站)
双泉堡东-牡丹园西全程11.554公里，牡丹园西-双泉堡东全程9.809公里。
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北京618路[电子地图]
公交集团线路(601-899路) 月坛体育场5:30-22:00 回龙观小区5:30-22:00 12公里以内票价1元，每增加5公里以内加价0.5元。持卡乘车普通卡4折、学生卡2折优惠。 北京公交集团第一客运分公司
上行：月坛体育场 - 阜成门南 - 阜成门北 - 西直门南 - 玉桃园 - 积水潭桥北 - 小西天 - 北京师范大学 - 铁狮子坟 - 北太平桥南 - 牡丹园 - 牡丹园东 - 健德门桥北 - 祁家豁子 - 健翔桥北 - 南沙滩 - 北沙滩桥南 - 双泉堡 - 花虎沟 - 清河南镇 - 清河 - 清河小营桥北 - 四拨子 - 西三旗桥北 - 京昌路回龙观 - 京昌路回龙观北站 - 北郊农场桥东 - 龙华园 - 广场西门 - 风雅园北 - 回龙观小区(共31站)
下行：回龙观小区 - 风雅园北 - 广场西门 - 龙华园 - 北郊农场桥东 - 京昌路回龙观北站 - 京昌路回龙观 - 龙兴园 - 西三旗桥北 - 西三旗桥南 - 四拨子 - 清河小营桥南 - 清河 - 清河南镇 - 双泉堡 - 北沙滩桥南 - 南沙滩 - 健翔桥北 - 祁家豁子 - 健德门桥西 - 牡丹园东 - 牡丹园 - 北太平桥北 - 铁狮子坟 - 北京师范大学 - 小西天 - 新街口豁口 - 玉桃园 - 西直门南 - 阜成门北 - 阜成门南 - 月坛体育场(共32站)
全程26.24公里，全程票价2.5元。
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北京645路[电子地图]
公交集团线路(601-899路) 大峪5:00-20:30 民族园路5:50-21:30 12公里以内票价1元，每增加5公里以内加价0.5元。持卡乘车普通卡4折、学生卡2折优惠。 北京公交集团第四客运分公司
上行：大峪 - 双峪环岛西 - 侯庄子 - 麻峪北口 - 广宁村 - 金顶南路 - 地铁苹果园站 - 杨庄 - 杨庄东 - 晋元桥西 - 龚村东口 - 沙石路口东 - 阜玉路口东 - 阜永路口西 - 定慧寺东 - 西钓鱼台 - 航天桥西 - 航天桥东 - 首体南路南口 - 四道口南 - 白石桥北 - 国家图书馆 - 中央民族大学 - 大慧寺路西口 - 大慧寺路东口 - 大柳树北站 - 皂君庙 - 明光村西站 - 明光桥东 - 北京师范大学南门 - 铁狮子坟 - 北太平桥北 - 牡丹园 - 牡丹园东 - 健德门桥东 - 华严北里 - 民族园路(共37站)
下行：民族园路 - 北土城西路东口 - 健德门桥西 - 牡丹园东 - 牡丹园 - 北太平桥南 - 铁狮子坟 - 北京师范大学南门 - 明光桥东 - 明光村西站 - 皂君庙 - 大柳树北站 - 大慧寺路东口 - 大慧寺路西口 - 中央民族大学 - 国家图书馆 - 白石桥南 - 四道口南 - 首体南路南口 - 航天桥东 - 航天桥西 - 西钓鱼台 - 定慧寺西 - 阜永路口西 - 阜玉路口东 - 沙石路口东 - 龚村东口 - 晋元桥西 - 杨庄东 - 杨庄 - 地铁苹果园站 - 金顶南路 - 广宁村 - 麻峪北口 - 侯庄子 - 双峪环岛西 - 大峪(共37站)
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北京653路[电子地图]
公交集团线路(601-899路) 五路桥东6:00-22:00 北苑家园5:30-22:00 12公里以内票价1元，每增加5公里以内加价0.5元。持卡乘车普通卡4折、学生卡2折优惠。 北京公交集团电车客运分公司
上行：五路桥东 - 恩济西街 - 恩济里小区 - 定慧寺东 - 西钓鱼台 - 航天桥西 - 航天桥北 - 花园桥南 - 老虎庙 - 外文印刷厂 - 白石桥南 - 国家图书馆 - 中央民族大学 - 魏公村 - 中国农业科学院 - 人民大学 - 海淀黄庄东 - 知春里 - 知春里东站路口东 - 知春路 - 塔院小区南门 - 牡丹园西 - 牡丹园东 - 健德门桥东 - 北土城西路东口 - 安贞医院北站 - 奥体东门 - 安慧桥北 - 炎黄艺术馆 - 大屯南 - 慧忠北里 - 华汇商厦 - 科荟路东口 - 辛店村 - 北苑 - 大羊坊 - 大羊坊东站 - 北苑家园(共38站)
下行：北苑家园 - 大羊坊东站 - 大羊坊 - 北苑 - 辛店村 - 科荟路东口 - 华汇商厦 - 慧忠北里 - 大屯南 - 炎黄艺术馆 - 安慧桥北 - 奥体东门 - 安贞医院北站 - 北土城西路东口 - 健德门桥西 - 牡丹园东 - 牡丹园西 - 塔院小区南门 - 知春路 - 知春里东站路口西 - 知春里 - 海淀黄庄南 - 人民大学 - 中国农业科学院 - 魏公村 - 中央民族大学 - 国家图书馆 - 白石桥南 - 外文印刷厂 - 老虎庙 - 花园桥南 - 航天桥北 - 航天桥西 - 西钓鱼台 - 定慧寺东 - 恩济里小区 - 恩济西街 - 五路桥东(共38站)
全程28.85公里，全程票价3元。
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北京658路[电子地图]
公交集团线路(601-899路) 看丹桥5:30-22:00 嘉铭园5:30-22:00 12公里以内票价1元，每增加5公里以内加价0.5元。持卡乘车普通卡4折、学生卡2折优惠。 北京公交集团新奥客运分公司
上行：看丹桥 - 北大地 - 北大街 - 东大街北口 - 丰台北路 - 丽泽桥北 - 西局 - 六里桥南 - 六里桥北 - 公主坟南 - 公主坟北 - 八一湖 - 航天桥北 - 花园桥南 - 紫竹桥南 - 万寿寺 - 为公桥 - 三义庙 - 四通桥东 - 红民村 - 大钟寺 - 蓟门桥西 - 蓟门桥 - 蓟门桥北 - 学知桥东 - 塔院小区南门 - 牡丹园西 - 牡丹园东 - 健德门桥北 - 祁家豁子 - 健翔桥东 - 北辰桥西 - 亚运村 - 安慧桥东 - 惠新东桥西 - 育慧西里 - 嘉铭园(共37站)
下行：嘉铭园 - 育慧西里 - 惠新东桥西 - 安慧桥东 - 亚运村 - 北辰桥西 - 健翔桥东 - 祁家豁子 - 健德门桥西 - 牡丹园东 - 牡丹园西 - 塔院小区南门 - 学知桥东 - 蓟门桥北 - 蓟门桥西 - 大钟寺 - 红民村 - 四通桥东 - 三义庙 - 为公桥 - 万寿寺 - 紫竹桥南 - 花园桥南 - 航天桥南 - 八一湖 - 公主坟北 - 公主坟南 - 六里桥北里 - 六里桥南 - 西局 - 丽泽桥西 - 丰台北路 - 东大街北口 - 北大街 - 北大地 - 看丹桥(共36站)
全程32.05公里，全程票价3.5元。
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北京689路(快车)[电子地图]
公交集团线路(601-899路) 花乡驾校5:30-22:00 惠新东桥西5:30-22:00 12公里以内票价1元，每增加5公里以内加价0.5元。持卡乘车普通卡4折、学生卡2折优惠。 北京公交集团专线客运分公司
上行：花乡驾校 - 白盆窑 - 西白家窑 - 花乡桥南 - 四合庄 - 新村 - 韩庄子北 - 看丹桥东 - 看丹桥北 - 正阳桥北 - 岔路口 - 丰台路口 - 岳各庄 - 青塔 - 五棵松桥南 - 金沟河 - 定慧北桥 - 营慧寺 - 四季青桥东 - 车道沟桥东 - 北洼路 - 国家图书馆 - 中央民族大学 - 魏公村 - 中国农业科学院 - 人民大学 - 知春里 - 知春路(地铁) - 塔院小区南门 - 牡丹园东 - 祁家豁子(健翔桥南) - 健翔桥东 - 北辰桥西 - 亚运村 - 安慧桥东 - 惠新东桥西(共36站)
下行：惠新东桥西 - 安慧桥东 - 亚运村 - 北辰桥西 - 健翔桥东 - 祁家豁子 - 牡丹园东 - 塔院小区南门 - 知春路(地铁) - 知春里 - 人民大学 - 中国农业科学院 - 魏公村 - 中央民族大学 - 国家图书馆 - 北洼路 - 车道沟桥东 - 四季青桥东 - 营慧寺 - 定慧北桥 - 金沟河 - 五棵松桥南 - 青塔 - 岳各庄 - 丰台路口 - 岔路口 - 正阳桥北 - 看丹桥北 - 看丹桥东 - 韩庄子北 - 新村 - 四合庄 - 花乡桥南 - 西白家窑 - 白盆窑 - 花乡驾校(共36站)
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北京939路[电子地图]
八方达公司线路(901-999路) 北京南站5:00-22:00 上辛堡信用社5:00-21:00 普通车10公里以内票价1元，每增加10公里以内加价1元；空调车10公里以内票价2元，每增加5公里以内加价1元。持卡乘车普通卡4折、学生卡2折优惠。 北京八方达客运有限责任公司德外分公司
上行：上辛堡信用社 - 上辛堡村 - 黄港东站 - 黄港西站 - 小黄楼 - 黄港乡政府东站 - 黄港乡政府 - 沈家村 - 奶西市场 - 奶西村口 - 奶子房信用社 - 奶子房 - 刘各庄北 - 刘各庄 - 来广营 - 广顺桥南 - 利泽中街西口 - 望京花园西区 - 湖光北街东口 - 南湖东园 - 南湖南路北口 - 南湖南路 - 南湖西里 - 望京桥北 - 望京桥西 - 望和桥东 - 望和桥 - 育慧里 - 惠新东桥西 - 安慧桥东 - 亚运村 - 北辰桥西 - 健翔桥东 - 祁家豁子 - 健德门桥西 - 牡丹园东 - 牡丹园 - 北太平桥南 - 铁狮子坟 - 北京师范大学 - 小西天 - 新街口豁口 - 玉桃园 - 西直门南 - 阜成门北 - 阜成门南 - 北京儿童医院 - 复兴门南 - 西便门外 - 天宁寺桥北 - 广安门北 - 广安门南 - 椿树馆街 - 白纸坊桥南 - 菜户营桥北 - 大观园 - 右安门西 - 北京南站(共58站)
下行：北京南站 - 右安门东 - 大观园 - 菜户营桥北 - 白纸坊桥北 - 椿树馆街 - 广安门南 - 广安门北 - 天宁寺桥东 - 西便门 - 复兴门南 - 北京儿童医院北 - 阜成门南 - 阜成门北 - 西直门南 - 玉桃园 - 积水潭桥北 - 小西天 - 北京师范大学 - 铁狮子坟 - 北太平桥北 - 牡丹园 - 牡丹园东 - 健德门桥北 - 祁家豁子(健翔桥南) - 健翔桥东 - 北辰桥西 - 亚运村 - 安慧桥东 - 惠新东桥西 - 育慧里 - 望和桥 - 望和桥东 - 望京桥西 - 望京桥北 - 南湖西里 - 南湖南路 - 南湖南路北口 - 南湖东园 - 侯庄路口北 - 望京花园西区 - 利泽中街西口 - 广顺桥南 - 来广营 - 刘各庄 - 刘各庄北 - 奶子房 - 奶子房信用社 - 奶西村口 - 奶西市场 - 沈家村 - 黄港乡政府 - 黄港乡政府东站 - 小黄楼 - 黄港西站 - 黄港东站 - 上辛堡村 - 上辛堡信用社(共58站)
空调车全程票价9元 普通车全程票价5元。
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北京949路[电子地图]
八方达公司线路(901-999路) 德胜门8:30-19:00 兴寿6:20-17:00 12公里以内票价1元，每增加5公里以内加价0.5元。持卡乘车普通卡4折、学生卡2折优惠。 北京八方达客运有限责任公司德外分公司
上行：德胜门 - 积水潭桥北 - 北京师范大学 - 铁狮子坟 - 北太平桥北 - 牡丹园 - 牡丹园东 - 祁家豁子 - 健翔桥北 - 南沙滩 - 北沙滩桥东 - 南沟泥河 - 中科院地理所 - 洼里南口 - 豹房 - 大屯东 - 北苑路大屯北站 - 北苑 - 大羊坊 - 立水桥 - 立水桥北站 - 城铁立水桥站 - 东小口 - 天通苑西门 - 丽水园 - 天通苑太平庄 - 东三旗南站 - 东三旗 - 平西府 - 平坊 - 东沙各庄 - 北京太阳城 - 小汤山马坊 - 大柳树环岛西 - 小汤山镇政府(龙脉温泉) - 小汤山 - 小汤山电信局 - 大汤山 - 后牛坊 - 昌平东庄 - 秦城 - 象房 - 兴寿(共43站)
下行：兴寿 - 象房 - 秦城 - 昌平东庄 - 后牛坊 - 大汤山 - 小汤山电信局 - 小汤山 - 小汤山镇政府(龙脉温泉) - 大柳树环岛西 - 小汤山马坊 - 北京太阳城 - 东沙各庄 - 平坊 - 平西府 - 东三旗 - 东三旗南站 - 天通苑太平庄 - 天通西苑北 - 天通西苑南 - 东小口 - 城铁立水桥站 - 立水桥北站 - 立水桥 - 大羊坊 - 北苑 - 北苑路大屯北站 - 大屯东 - 豹房 - 洼里南口 - 中科院地理所 - 南沟泥河 - 北沙滩桥东 - 南沙滩 - 健翔桥北 - 祁家豁子 - 马甸桥北 - 马甸桥南 - 德外关厢 - 德胜门(共40站)
德胜门周一至五8:30、9:30、17:00、19:00，周六、日、节假日8:00、15:00、19:00，兴寿周一至五6:20、7:30、15:00、17:00，周六、日、节假日6:20、13:00、17:00。