爱莲书院是清光绪二十五年（1899年），河州知州杨增新（字鼎臣）在修筑莲花堡竣工之际创立的。翌年秋季招生开学。此乃在河州北乡兴建之最高学府，与河州凤林书院、和政龙泉书院统称清代河州三大书院。

书院建于城内什字之东50米处。校舍规模面积约3200平方米。书院为四合院形式，前后两院，内设大厅、讲堂、斋舍等建筑，计23间。置山长（今学校校长）1员，由知州聘任，主持校务，并任主讲。首任山长系清光绪中期秀才萧正中，教习1人。先后任教习者为杨枢斗、杨希霖、杨世英、蒋步颖、鲁丕敏等，均系秀才。

生童均发奖钱，正课奖金白银二至六钱，副课奖金白银二至四钱。 为筹措书院办学经费，知州杨鼎臣捐银1100两，并将宋家城旱地学田1476亩租给农民耕种，岁收租银123两1分8厘，发商生息，作教习修金；城内地基变价得钱1200两，发商生息，作学生膏火（灯油费）。

设备主要有办公桌、课桌凳20余套，还藏有经史、文学、地理等各种书籍百余册。