山东省济南燕山学校于1987年2月经济南市政府批准命名为“山东省济南甸柳第二中学”，上级主管部门为济南市教育委员会。1987年7月确定为初级中学，由历下区教育委员会主管。1992年经济南市教育委员会批准，校名由“山东省济南甸柳二中”更名为“山东省济南燕山中学”。2002年经济南市教育局批准，山东省济南燕山中学与燕山小学合并为九年一贯制学校，校名为“山东省济南燕山学校”。2005年，燕山学校顺利通过了省级规范化学校检查。2009年，济南市燕山中学同济南市开元中学合校。
2001年学校投资460万元进一步改善了办学条件：办公楼加层、装修；办公设备全部更新；操场的200米跑道和4个篮球场铺设了塑胶，增加排球场、
乒乓球台；16个教学班更新单人桌椅；学校开辟了小花园；拆除临街房，改建为150米透视墙；新建微机室两个，设150台电子计算机；实验设备、图书等更新、增加。
2021年12月28日学校新建教学楼正式投入使用。新建教学楼项目规划建筑用地面积29720.20平方米，本次投入使用的新教学楼建筑面积为13295.53平方米，地上五层，地下一层，框架结构。新教学楼于2021年7月底完成室内外装修，九月竣工验收。
学校坚持以科技为先导，以教学为中心，被山东省教科所、山东省尝试教学理论研究推广中心命名为尝试教学实验基础。2001年被评为山东省创新教育实验与研究先进单位、市师德建设先进单位、历下区教书育人先进单位、历下区基层先进党组织等荣誉称号。
学校坚持正确的办学思想，面向全体、高标准培养学生，连年向省重点高中输送优秀毕业生人数多、质量高。有300名优秀学生在全国生物、物理、化学、数学、英语竞赛中获奖。学校多次被评为学科竞赛优胜学校。
学校的课外活动丰富多彩。阅览室、微机室、科技活动室面向学生开放。设有体育训练队、合唱队、美术小组，连续被评为市、区文化节先进单位，学校被市体委命名为济南市田径传统项目学校。