热启动PCR（hot start PCR）是指使Taq DNA 聚合酶只有在样品温度至少超过70℃时才发挥作用的PCR，可提高反应的特异性。Taq DNA 聚合酶通常在比适宜温度低得多的条件下仍有较强的活性。PCR 反应的最初加热过程中，样品温度上升到70℃之前，在较低的温度下引物可能与部分单链模板形成非特异性结合，并在Taq DNA 聚合酶的作用下延伸。结果会导致非靶序列的扩增，影响反应的特异性。热启动可减少非靶序列的扩增，提高反应的特异性。在引物设计时如果某位点因为遗传元件的定位而受限，如site-directed 突变、表达克隆或用于DNA 工程的遗传元件的构建和操作等情况，热启动PCR 尤为有效。

基本概念

热启动通过抑制一种基本成分延迟DNA合成，直到PCR 仪达到变性温度。延缓加入Taq DNA 聚合酶的手工热启动方法十分烦琐，尤其是对高通量应用。其他热启动方法使用蜡防护层将一种基本成分(镁离子、酶、模板、缓冲液等) 隔离开。在热循环时，蜡熔化把各种成分释放出来并混在一起。蜡防护层法同样比较烦琐，易于污染，不适用于高通量应用。