1958年11月，莱阳专员公署更名为烟台专员公署。1967年2月，烟台专员公署由烟台地区革命委员会取代。

1958年11月13日，中共山东省委发出《关于调整有关专区、市、县区划问题的通知》中规定：原莱阳专员公署更名为烟台专员公署，自11月13日启用新印章。是年，专署机构设有办公室、行政管理处、民政局、公安处、法院、检察院、交际处、经济计划委员会、劳动局、物资供应局、建筑工程局、重工业局、轻工业局、冶金工业局、矿冶局、基本建设委员会、交通局、邮电局、农林局、水利建设指挥部、财政局、商业局、粮食局、人民银行烟台地区中心支行、建设银行、文教局、卫生局。此后，专署工作机构屡有裁并和增设。

1966年，专署机构设有办公室、计划委员会、劳动局、统计局、物资局、经济委员会、工业局、交通局、机械工业局、电业局、手工业管理局、手工业联社、专酿专卖事业管理局、财贸办公室、财政局、税务局、商业局、供销社、粮食局、人民银行烟台专区中心支行、建设银行、工商银行、物价委员会、人事监察局、档案局、民政局、公安处、法院、检察院、外事办公室、交际处、外贸局、建筑工程局、邮电局、农业局、林业局、水产局、水利建设指挥部、多种经营办公室、专卖管理处、盐管处、盐务管理局、文教局、卫生局、计划生育办公室。

1967年2月，烟台专员公署由烟台地区革命委员会取代。