灵芝洞目前已知有5个洞口，洞宽6-35米，高2-18米，已实测长度576.5米，地下水道长度可能在1公里以上，分为3层，上层呈低矮大厅状或廊道状，高出灵芝厅15米， 中层以灵芝厅为代表，下层为现代地下河，低于灵芝厅7-8米。洞内化学沉积物相当丰富，有滴石类(鹅管、
石钟乳、石笋、石柱)，流石类(石瀑布、石幔、石旗等)和池水沉积(边石、流石、水下晶簇、穴珠等)。
灵芝洞以具有石灵芝而称奇。 石灵芝生长于2个上下叠置的浅水池塘中，上池塘长16.5米，宽3-5米，池内有石灵芝24株。下方的池塘长5米，宽3米，有4株石灵芝。每个池塘中，石灵芝的上部“叶片”位于同一高度，严格受池塘水位的控制，石灵芝高度为80-130厘米。有的呈单体生长，有的是几个石灵芝的“叶片”连生在一起。石灵芝由“茎部”、“叶片”和“帽顶”三部分组成。茎部直径为35-40厘米，垂直中空，高50-100厘米；叶片厚15-20厘米， 呈圆形，水平方向伸开，宽60-120厘米；帽顶高约15厘米，直径10-20厘米，散布在叶片的不同部位上。石灵芝成因和莲花盆大体相似。现今灵芝洞内池塘水已干涸，石灵芝停止生长。