碑坐东朝西，通高6.2米，宽2.1米，厚约0.6米；龟趺高1.9米，长4米，宽2.6米，石灰岩质地；碑额为弧形，中间为篆体阴刻“御制洪恩灵济宫之碑”，字径约12厘米。碑文记述重建灵济宫及敕封二徐真君的缘由，碑文大部分字可清晰可读，约有720字，传为
解缙所书，楷书直行，字径约3厘米。碑四周框以浮雕龙纹图案。碑刻下部因人为摸触等故，字迹已模糊。碑下的龟座作伸颈昂首状，龟体石料红白相间，龟吻部分已没有了。
碑亭位于灵济宫庙堂大门外左侧，为木构建筑式样“御碑亭”，亭木构，方形，座高0.3米，边长8.89米，重檐四坡顶。覆莲石柱础，16根亭柱，梁架间施斗拱，亭顶面铺望板、板瓦、灰筒瓦、滴水，角脊置吻兽，通高9.8米。该碑亭具有辽金时代北方木亭的风格，在南方较少见。碑亭保持明代建筑风格。木亭结构牢固，保存较完好。
当年青圃青草医曾神孙因为永乐皇帝治好疑难重症“背袱毒疮”，推言医术妙方为南唐徐知证、徐知谔“两王”神授拨请，永乐帝痊愈后，为表彰“二王”救命之功，在青圃择地建灵济宫，特御制灵济宫碑。
据《徐仙真录》载：“永乐十五年（1417年）正月二十八日钦奉旨着都指挥童俊、按察司副使许升重新起盖。……本年四月二十六日兴工，次年五月初六日完成，继于南京凿石碑并龟趺，航海而来，仍集军夫万人建立其奉。”《明实录》记述：“凿石碑与龟趺当年是三宝太监
郑和下西洋船队奉旨护送而来，这只象征吉祥的庞然大物，足有万斤之重。”《闽都别记》第270回有这样一段记载：其石龟运至灵济宫，将已立之碑卸下，在此龟背上凿孔，将碑抬上龟背竖立，竟抬不上，搭天车，亦不能上。弄至二日不得成立，皆以龟大而高，又光滑，人不能立脚，正无主意间……如何立碑难倒了当差的工匠。正当大家一筹莫展之际，一位旁观的老者悟出了“若要石碑立，除非不见龟”的道理：“可先挑运土块石头，将龟堆埋土中，只露脊背凿孔，四旁皆堆土，果不见高，又有立脚之地，待碑立了，再开除去土，龟便现出。神汝如此行动始能成功也”。众人便依此法行事，终于将碑立了起来。
灵济宫全称“洪恩灵济宫”，始建于五代，初名大王。，明代永乐十五年（1417年），重建后赐名灵济宫，名称一直延用。灵济宫自金鳌山下沿山势建至山顶，计有三重门，六座宫殿，大小建筑两百余间，整座建筑仿帝王宫殿而成。
灵济宫碑是明朝永乐帝御赐，具有辽金风格，且保存较完好，具有重要的历史文物价值。碑亭，没有用一颗铁钉，顶上采用了二重檐的结构，在中国古代，一般只有皇家的殿堂和园林才能采用这种独特的建筑结构，明朝紫禁城中的大部分宫殿建筑都是如此，具有重要的建筑艺术研究价值。
2006年5月，灵济宫碑被中华人民共和国国务院公布为
第六批全国重点文物保护单位。