潜在问题分析是对方案执行过程中可能会出现的问题及这些问题一旦出现后会产生什么影响与危害，应准备哪些防范措施和应急措施，以减少那些潜在问题出现的可能性和危害性的系统分析方法。潜在问题由于是隐藏在事物背后或深层的矛盾萌芽，不那么容易看出，而且它又不在决策的直接目标范围之内，因此极易被人们所忽视。科学决策应重视对潜在问题的分析与防范，只有做好这项工作，才可以防患于未然，保证决策的连续性和成功的可能性。

在进行潜在问题分析时，应考虑如下问题：(1)未来可能发生哪些问题?(2)发生的问题对决策目标有何影响?(3)发生这些问题的可能原因是什么?(4)可采取哪些预防措施? (5)可采取哪些应变措施，以减少对决策目标的影响?(6)怎样保证应变措施的实施?对潜在问题进行分析并制定应变措施时，一般采取下列步骤：(1)要预计某项决策方案执行中和执行后可能会出现哪些不希望发生的问题，运用科学的方法预测未来可能会出现的困难，对最有可能出现的问题要特别引起注意。(2)评价潜在问题的危险性，即按其危险度对潜在问题进行排队分类。(3)制定预防措施。即根据危险度的分类，决定是否采取预防措施和应该采取哪些预防措施，并把这些措施列入决策方案的实施计划中去，使之逐项落实。(4)准备应急措施，对可能出现严重不良后果的问题，除采取预防措施外，还应准备一定的应急措施，以便万一问题发生时，可立即采用这些应急措施进行补救。