6年（1649年），直属江南省，18年（1662年），隶江南左布政使司；圣祖康熙6年(1667年)，属安徽省；清穆宗同治4年(1865年)，隶安徽省安庐滁和道。

明代以前的滁州

隋开皇五年（589），废新昌郡，改为滁州，是为滁州建州之始。

唐代，滁州属于淮南道，下辖清流、全椒、永阳三县。.唐末，杨行密据江淮，建立吴国，滁州属于杨吴，改永阳县为来安县。937年，杨吴被南唐取代，滁州属于南唐。959年，后周攻南唐，取得江北十四州，滁州入后周。

960年，赵匡胤“黄袍加身”，建立宋朝，滁州属于淮南道，后改为淮南路，下辖清流、来安、全椒三县。熙宁五年，淮南路分为东、西二路，滁州隶属于淮南东路。南宋时期，滁州属于淮南东路，辖县不变。

1276年（南宋德佑二年），滁州入元。至元十五年，滁州升为滁州路，仍治清流县。二十年，复降为州，改属江淮行省扬州路(治扬州)。二十一年，为江浙行省扬州路滁州。二十八年十二月，改属河南江北行省扬州路，辖县不变。至正十二年(1352年)，改属淮南江北行省扬州路，辖县不变。

明清时期滁州直隶州

洪武十四年（1381年），滁州升为直隶州，直隶京师，下辖清流、全椒、来安三县。成祖永乐年间(1403～1424年)，改隶南京；明代宗景泰年间(1450～1456年)，属庐凤淮扬巡抚。清初属江南省左布政使司；世祖顺治2年(1645年)，属江南省安庐滁和道；

1913年废除。