宋宝庆三年(1227)，松溪县人在湛卢山朱熹读书讲学的“吟室”（湛卢精舍）旧址，建湛卢书院。元至正十六年(1356)，书院迁城内文公祠，至正二十二年，朝廷赐额仍名湛卢书院。明正统十三年(1448)毁于兵灾，其后屡建屡毁。嘉靖十五年(1536)复迁于湛卢山麓址，清康熙二十二年(1683)重建。乾隆十五年(1750)，城南的石壁禅寺改为书院，也以湛卢书院为名，与湛卢山麓书院并存。道光末，山麓书院荒废。城内湛卢书院废于清末，民国18年(1929)，以其址充作湛卢初中校舍。

书院山长多由名儒担任。元时山长为杨时七世孙杨缨，其后为罗文谅和清代江南进士杨栋、连江进士孙让、长乐进士陈祖谦等人。

书院学生按考试成绩分正课生(文生月课)，副(附)课生(童生常课)。书院首要功课是朱熹的《四书集注》和试贴诗，其它尚有《大学衍义》、《朱子全书》等导经课，《文章正宗》、《御制诗》等文艺课，《历代名臣奏议》等史论课。

湛卢书院历来置有学田资助生徒，称膏火费。清乾隆时，有膏火费生20名，其中生员14名，童生6名。