湖州市菱湖中学创建于1946年，现为浙江省一级重点中学，省文明单位、省文明学校、省现代教育技术实验学校、省普通高中特色示范学校，是一所历史底蕴深厚、人文气息浓郁的江南名校。

1933年，菱湖籍爱国民族资本家章荣初先生出资购买了菱湖镇南栅榜眼厅南20亩土地（即现在菱湖粮管所范围），建造了青树小学。

1934年2月正式开学。

1940年3月，校舍被日军烧毁。抗战胜利后，章荣初在上海发起成立菱湖建设协会，把恢复青树学校作为首要工作。

1946年初，章荣初以私宅作教室，招生开学，并购地重建学校。

1947年学校落成，定名青树中小学。占地70亩，设施齐全，堪称一流。学校设董事会，由潘公展任董事长，吴淮清任校长。一切经费均由章荣初负担。

1950年，嘉兴专署文教局委派陈柱麟、陈守仁到青树中小学任正副校长。

1952年，吴兴县人民政府接管青树中小学，改名吴兴县初级中学，由县长田一民兼任校长。

1956年，始招高中，成立完全中学，改名吴兴中学。仍由田一民兼任校长，冯团任副校长。

1959年，由县长刘健民兼任校长，秦祯礼任党支部书记。首届高中毕业生高考成绩名列全省第二名，学校先后被评为县、地区、省先进单位，成为省重点中学和浙江大学附属中学。

1960年，获“全国文教战线先进单位”称号。

1964年，学校改名为菱湖中学，沿用至今。

1981年，湖州市政府决定撤销菱湖镇人民中学，所有班级、校舍（原菱北完小部分除外）及部分教职工并入菱湖中学。

1983年学校荣获“全国群体工作先进单位”称号。1984年再度被确定为省第二批重点中学。

1998年7月，省教委正式下文，批准我校为省二级重点中学。2002年，我校又成功晋级为省一级重点中学。

1978年以来，在上级党委和政府的支持下，学校多方筹措资金，先后新建、改建教学设施共计10800M2。1997年又筹资200余万元，重新调整校园布局，使校容校貌有了较大改观。与此同时，学校还大力推进现代化教学，投资建成了设备一流的计算机房，各处室配上电脑，并与国际互联网联通，步入信息高速公路。在改善办学条件的同时，学校始终把德育工作放在首位，做到教书育人，管理育人，服务育人。坚持以教学为中心，学校领导深入教学第一线，坚持兼课，建立领导联系年级组制度，加强教学管理，努力提高教学质量。自恢复高考招生制度之后，学校教学质量逐年提高，会考合格率、优良率均名列市属中学前茅。97年高考上线人数为170人，升学率达到70%，居市内同类生源学校之首，实现了历史性的突破，其中沈佩兰同学获得了湖州市文科第1名。

1998年，中共湖州市委、湖州市人民政府为了加快菱湖中学的发展，充分发挥优质高中在新世纪办学的优势，决定易地新建菱湖中学。这对我校来说是一件根本性大事。学校于当年完成征地、围填等工作，并聘请了浙江大学进行校园总体规划设计。该工程于1999年4月动工，一期工程于2000年7月完成，二期工程体艺馆于2002年10月顺利竣工，目前已开始动工建造新的教学楼和学生宿室楼。新校园占地170余亩，校舍建筑面积3万余平方米，总投资5000万。新校园，绿意盎然，环境宜人，整体布局合理，人文气息浓郁。学校设施完善，拥有省内一流的校园网络，图书馆藏书8万余册，报刊400余种。

目前学校实行初高中分离，现有高中教学班42个，学生1835名，教职工179人。师资队伍精良，中高级职称教师占72%，有全国优秀教师、省市级学科带头人、教学明星、教学能手、教坛新秀30多人。

学校迁入新校址后，就确立了争创省一级重点普通中学的阶段性发展目标。根据《省等级重点普通中学评估办法》和湖州市教育局的申报，省教育厅评估组于2002年4月对我校进行了认定性评估。4月22日，省教育厅正式下文，批准我校为省一级重点普通中学。菱湖中学在历任领导班子和全体教职员工的长期努力下，在市委市政府的正确领导下，终于抓住了难得的发展机遇。易地新建工程的完成和争创省一级重点普通中学工作的成功，使学校在新一轮办学竞争中有了立足之地，也为学校在新世纪的腾飞奠定了坚实的发展基础。

学校具有现代化的教育理念，坚持以人为本，致力于培育高素质的现代人才。重视人文精神的培养，努力创设宽松而富有创新精神的成长环境，以激励学生自我发展；深化教学改革，积极构建新型的教学模式，以促进学生的个性发展和潜能开发，提高学生的全面素质。近三年来，教学质量稳步提高，会考科目合格率、优良率均名列湖州市前茅，高考升学率保持在95%以上，其中2000年庞隽、陆秋渊同学分别以597分、589分荣获市文科第1名和第3名，2002年黄亚鸣同学以699的高分获全省理科第13名，市理科第3名。

建校50多年来，学校定位于培养和造就高素质的创造性人才的摇篮，为祖国培养了一代又一代优秀人才累计2万余名。校友足迹遍布全国各地，为祖国的革命、建设和改革事业作出了重要的贡献，学校也赢得了广泛的声誉。我们坚信菱湖中学将继续发扬志在一流、追求卓越的精神，积极进取，开拓创新，一定会把学校办成一所适应21世纪的现代化、有特色、高质量的浙江名校。

2008年，根据浙江省精神文明建设委员会下发的浙江省文明单位的复评结果，继续保留“浙江省省级文明单位”的荣誉称号。

2020年11月，入选“第三批国防教育特色学校”名单。