1973年3月2日，温州海关恢复建关，隶属于杭州海关，近年来先后荣获第四届
全国文明单位、“全国海关政务公开示范点”、全国青年文明号、浙江省文明和谐口岸建设先进单位、浙江省“扫黄打非”工作成绩突出集体等荣誉。
中华人民共和国温州海关受杭州海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作，主要负责管理浙江省温州市辖区进出境监管、征收关税和其他税费、查缉走私、编制海关统计、出入境检验检疫等基本任务，以及保税监管、海关稽查、知识产权海关保护等职责，除此之外，还负责丽水市青田县进出境邮件监管工作。
温州海关内设科室27个：办公室（党委办公室）、法规科、综合业务一科、综合业务二科、监管一科、监管二科、监管三科、监管四科、监管五科、综保监管科、状元岙监管科、义新欧监管科、机场综合科、机场监管科、旅检一科、旅检二科、邮件监管科、快件监管科、统计督察科、企业管理科、保税监管科、稽查科、财务科、科技科、人事教育科（党委组织部）、政工科（党委宣传部）、离退休干部办公室；下辖驻乐清办事处、驻瑞鳌办事处2个派驻机构，另有事业单位1个（温州海关综合技术服务中心）。