温州市卫生健康委员会，是2018年温州市机构改革组建的新部门，为温州市人民政府组成部门。
主要职责
（一）组织拟订全市国民健康政策，拟订卫生健康事业发展地方性法规、规章草案和政策、规划，制定地方标准和规范并组织实施。统筹规划卫生健康资源配置，指导县（市、区）卫生健康规划的编制和实施。制定并组织实施卫生健康基本公共服务均等化、普惠化、便捷化和公共资源向基层延伸等政策措施。
（二）协调推进深化医药卫生体制改革，研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议。组织深化公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度，加强公立医院党的建设，制定并组织实施推动卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化的政策措施，提出医疗服务和药品价格政策的建议。会同有关部门，制定并实施健康服务业发展的政策措施。
（三）制定并组织落实疾病预防控制规划、免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施。负责卫生应急工作，组织指导突发公共卫生事件的预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援。
（四）组织拟订并协调落实应对人口老龄化政策措施，负责推进老年健康服务体系建设和医养结合工作。
（五）组织实施国家基本药物政策和国家基本药物制度，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警，提出我市基本药物价格政策的建议。开展食品安全风险监测，组织指导食品安全企业标准备案工作。
（六）负责职责范围内的职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生和传染病防治等公共卫生的监督管理，健全卫生健康综合监督体系。承担《烟草控制框架公约》履约的全市牵头工作。
（七）制定医疗机构、医疗服务行业管理办法并监督实施，建立医疗服务评价和监督管理体系。负责卫生健康行业安全生产监督管理工作。会同有关部门制定并实施卫生健康专业技术人员资格标准。制定并组织实施医疗服务规范、标准和卫生健康专业技术人员执业规则、服务规范。指导推动医疗机构、公共卫生机构质量管理和品牌培育。
（八）负责计划生育管理和服务工作，开展人口监测预警，研究提出人口与家庭发展相关政策建议，完善生育政策。
（九）指导基层卫生健康工作，指导基层医疗卫生、妇幼健康服务体系和全科医生队伍建设。推进卫生健康科技创新发展。
（十）组织制定中医药、民族医药发展规划，并纳入卫生健康事业发展总体规划，负责中医药的继承、创新和中西医结合工作，统筹协调中西医发展。
（十一）负责来温中央、省领导、重要外宾以及市保健对象的医疗保健工作，负责国家和省市重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。
（十二）承担市老龄工作委员会日常工作。
（十三）完成市委、市政府交办的其他任务。
内设机构
办公室。负责委机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、信访、会务、机要、保密、档案、安全、后勤、综合性表彰、制度建设、处室考绩、建议提案、督查督办等工作。组织起草综合性材料、重要文件。承担党委的日常工作职责。承担委机关和直属单位综治维稳、平安创建、安全生产监督管理工作。
组织人事处。拟订卫生健康行业人才队伍建设的规划、政策并组织实施。负责机关和直属单位的干部人事管理、机构编制工作，负责离退休干部服务管理工作。承担人大代表和政协委员推选、农村指导员选派等工作。组织指导全市卫生健康领域的国际交流与合作工作，开展与港澳台地区的合作与交流。承担机关和直属单位外事管理工作。牵头负责行业作风建设。协同做好全市卫生健康系统党建工作。
规划信息与财务审计处。组织拟订全市卫生健康中长期发展规划并组织实施，承担统筹规划与协调全市卫生健康资源配置，指导、推进卫生健康服务体系和信息化建设。承担卫生健康政府数字化转型工作。促进健康服务业发展。承担大型医用设备配置审核转报和装备管理。承担卫生健康统计工作。指导督促全市卫生健康系统基本建设工作。承担机关和预算管理单位的预决算、财务、资产管理、内部审计和绩效评价工作，提出医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策建议。承担系统对口支援和协作合作工作。承担监督直属单位节能减排工作。
法规处。组织起草地方性法规、规章草案、地方标准，承担规范性文件的合法性审查、公平竞争审查等工作，承担行政复议、行政应诉等相关工作。承担卫生健康信用体系建设工作。承担卫生健康普法工作。
体制改革处（挂行政审批处牌子）。研究提出深化医药卫生体制改革的重大方针、政策、措施的建议，指导、推进卫生健康重大改革工作，承担组织推进公立医院综合改革工作。承担市深化医药卫生体制改革的具体工作。承担委“最多跑一次”改革办公室的日常工作。承担全市卫生健康系统和本级直属单位考绩工作。承担行政审批制度改革相关工作，承担市级卫生健康行政许可等审批事项的统一受理、形式审查和制证发照等职责。负责管理市卫生健康委政务服务窗口。
疾病预防控制与职业健康处（挂食品安全标准与监测处牌子）。拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，承担传染病疫情信息报告工作。组织实施食品安全地方标准，开展食品安全风险监测和交流。承担职业安全健康管理工作，协调开展职业病防治工作。承担末梢水水质监测职责。承担《烟草控制框架公约》履约的全市牵头工作。承担市公共卫生委员会办公室的日常工作。
医政医管与药物政策处（挂科技教育处牌子）。拟订全市医疗行业管理的相关政策、标准、规范并监督实施，承担推进护理、康复事业发展和献血管理工作。承担全市医疗服务及其质量安全监管工作。拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度并组织实施。承担基层医疗卫生机构监督管理职责，负责基层医疗卫生机构准入、医疗技术应用、医疗质量和安全等，承担基层医疗卫生机构体系建设的实施工作。组织实施基本药物制度，拟订执行基本药物的相关政策和规定，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警。承担医疗卫生领域“最多跑一次”改革工作。拟订卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施。承担实验室生物安全监督和伦理审查工作。承担卫生健康专业技术人才选拔、培养。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作，协同指导医学院校教育。
中医处。拟订全市中医药（中西医结合）事业中长期发展规划并组织实施，拟订中医药行业管理政策、标准、规范并监督实施。组织和指导全市中医药科技创新发展，负责中医药人才队伍建设。组织开展中医药文化继承、传播、发展，指导和协调中医药国际交流、推广、应用以及与港澳台的中医药合作。参与拟订全市中医药产业发展规划、产业政策和中医药扶持政策。指导全市民族和民间医药工作。
基层卫生与妇幼健康处。拟订基层卫生健康政策、标准和规范并组织实施，承担基层医疗卫生体制机制改革工作。指导全市乡村医生管理工作。推进基层公共卫生服务均等化、普惠化、便捷化。拟订妇幼卫生健康政策、标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设，指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。
卫生应急办公室。承担卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。组织指导全市卫生健康应急能力建设。收集突发公共卫生事件应急处置信息。
综合监督处。承担公共卫生、医疗卫生、职业卫生等监督工作，组织查处医疗服务市场重大违法案件。组织开展医疗服务、传染病防治、精神卫生、饮用水卫生、职业卫生、公共场所卫生、学校卫生监督执法检查。完善卫生健康执法监督体系，组织稽查考评，指导规范监督执法行为。承担医疗废弃物管理工作。
老龄健康处。组织拟订并协调落实应对老龄化的政策措施。组织拟订医养结合的政策、标准、规范，建立和完善老年健康服务体系。承担市老龄工作委员会的日常工作。
人口监测与家庭发展处。承担人口监测预警工作并提出人口与家庭发展的政策措施建议。完善生育政策并组织实施，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度，实施计划生育奖特扶政策，开展出生人口性别比治理。
宣传处。承担卫生健康思想文化建设工作，负责全市卫生健康系统意识形态工作。组织开展卫生健康宣传、新闻和信息发布工作。承担市卫生健康门户网站及新媒体管理职责。承担精神文明建设工作，牵头本系统文明城市和文明单位创建工作。
健康促进与评价处。牵头研究提出健康温州建设、爱国卫生运动的规划、政策、措施的建议，组织开展健康温州和爱国卫生运动考核评价工作。组织开展卫生健康教育与促进活动，承担卫生健康科学普及工作。承担市健康温州建设办公室、市创建国家卫生城市办公室、市爱国卫生运动委员会办公室的日常工作。
保健处（挂市保健委员会办公室牌子）。负责来温中央、省领导和重要外宾的医疗保健工作，负责中央和省、市重要会议、重大活动的医疗卫生保障工作，负责市保健对象的医疗保健工作。承担市保健委员会的日常工作。
现任领导
陶学举：温州市卫生健康委员会党委委员、市纪委市监委驻市卫健委纪检监察组组长
帕提古丽·阿卜力克木：温州市卫生健康委员会党委委员、副主任
孙 坚：温州市卫生健康委员会党委委员、副主任，市疾病预防控制局局长
余颖聪：温州市市级公办医院管理中心主任
蒋传彪：温州市计划生育协会专职副会长
所获荣誉
2020年11月，被授予“浙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。