原寺址位于西仓桥街，创建于民国22年。上海的伊斯兰教妇女宗教团体——坤宁同德会集资开办上海清真坤宁同德女学，后改名西仓桥清真女学。民国34年8月女学恢复。
1950年，因河南路拓宽，女学迁至现址(小桃园街24号)。
1958年后，与高墩街清真女学合并。房屋改作上海市政协少数民族学习分会。“文化大革命”期间，改作居民住宅。1984年，改作市伊协临时办公用房。1993年，市伊协出资整修。
1995年9月1日，清真女学整修竣工对外开放。
1994年起，买士英师娘主持教务。同年，马淑贞任该女寺管理委员会主任。